đó, quân đội Việt Nam Cộng hòa và Cơ quan đặc vụ (công an mật) của Ngô
Đình Nhu giết hại một số lớn người bị vu là Việt Minh - Việt Cộng nằm
vùng, theo ước tính có khoảng 20.000 đến 75.000 nạn nhân. Ngoài ra còn có
100.000 người khác bị bắt, đưa vào các trại cải huấn. Vào lúc chiến dịch kết
thúc cuối năm 1958, chỉ còn khoảng 3.000 quân Việt Minh sống sót ở miền
Nam Việt Nam.
Trong thời điểm căng thẳng và nguy hiểm đó, để bảo toàn lực lượng,
Võ Nguyên Giáp lệnh cho cán bộ Việt Minh ở miền Nam Việt Nam rút về
miền cao nguyên phía tây nam Trung Bộ. Quân đội bù nhìn và cố vấn Mỹ
chắc chắn là ở lại vùng ven biển và thành phố. Việt Minh phải lập các an
toàn khu và chỉ sau này mới mở rộng ảnh hưởng xuống vùng rừng núi và
các làng ở đồng bằng sông Mê Kông. Muốn tấn công vào thành phố phải đợi
thời gian sau này thuận lợi hơn.
Vào lúc chiến dịch chống những người cộng sản của Diệm lên cao
nhất, giữa năm 1957 Việt Cộng phát động kế hoạch trả đũa. Mục tiêu của họ
là nhằm vào những chức sắc trong làng được Sài Gòn trả lương và có nhiều
hành vi tàn bạo nhất. Trong năm 1958, mặc dù số lượng ngày càng giảm sút
vì hành động đàn áp của chính phủ Diệm, nhưng cán bộ Việt Minh vẫn trừng
trị trên 1.000 tên ở cấp thấp của Việt Nam Cộng hòa. Số vụ xử tội tiếp tục
tăng lên, 4.000 vụ trong năm 1959 và trong các năm tiếp theo. Những
phương pháp của Diệm nhằm xoa dịu sự chống đối với chế độ chỉ càng làm
cho dân chúng ở các vùng nông thôn xa lánh chính quyền. Đa số nông dân ở
khắp nơi, kể cả cộng sản và không cộng sản đều giữ thái độ dửng dưng
trước những đại biểu Chính quyền Sài Gòn bị trừng trị.
Diệm phản ứng đúng như Việt Cộng trông đợi. Ông nghĩ cuộc khủng
hoảng là do nông thôn thiếu an ninh và ông chỉ định sĩ quan quân đội làm
đại diện chính phủ. Đến năm 1962, trong 41 tỉnh trưởng thì 36 là sĩ quan
quân đội trong khi nhiều sĩ quan khác giữ những vị trí trong bộ máy quan
liêu ở nông thôn cho đến cấp huyện. Nói chung, họ là người Công giáo vì
Diệm nghĩ rằng có thể tin vào họ nhưng họ lại không hiểu và thông cảm
