Nhưng dự định cải cách bị nhiều người chỉ trích.
Đại-úy Bonifacy cho rằng tiểu ban không chứng minh được dự định
cải cách chữ quốc ngữ mới có những thuận lợi hơn chữ quốc ngữ đang
được thông dụng. Ngoài ra về mặt thực hành, việc cải cách chỉ làm cho
nhiều người An-nam mới làm quen với chữ quốc ngữ sẽ gặp khó khăn hoặc
phải học lại từ đầu hoặc phải bỏ sở làm.
Cadière ở trong tiểu ban cũng không đồng ý với dự định cải cách. Xét
trên phương diện khoa học, Cadière nhìn nhận hệ thống ghi âm mới hợp lý
hơn hệ thống ghi âm cũ, nhưng về mặt thực hành, việc cải cách gặp những
khó khăn nghiêm trọng đến nỗi phải từ bỏ sự sửa đổi. Đứng ở phương diện
thực hành, Cadière nêu 6 điểm chống đối :
1. Không thể loại bỏ những khó khăn gắn liền với lối ghi âm tiếng Việt
và mọi hệ thống ghi âm đều không thể hoàn toàn.
2. Không thể gán cho chữ quốc ngữ những khuyết điểm gắn liền với
chính bản thân của tiếng Việt.
3. Hệ thống ghi âm do tiểu ban đề nghị loại bỏ một số khó khăn, trái
lại gây ra những khó khăn khác.
4. Việc sửa đổi chữ quốc ngữ sẽ làm cho một số lớn sách không thể
đọc được như những tự điển của Taberd Genibrel, giáo trình và tuyển tập
văn hóa của Chéon.
5. Một số đông người Việt không biết chữ nho, và chỉ biết chữ quốc
ngữ, trở thành mù chữ.
6. Cả một loạt dụng cụ nhà in sẽ trở thành vô dụng.
Nocentini nhận xét vì chỉ có những ý kiến chống đối về phương diện
thực tế nên yêu cầu Hội nghị chấp thuận dự định cải cách tạm thời về
phương diện khoa học. Ý kiến của Nocentini được tán thành coi như một
lối thoát dung hòa của Hội nghị.
Sau cùng hội nghị đã nhất trí thông qua một kiến nghị sau đây : « Hội
nghị xét lợi ích về phương diện khoa học của một lối ghi âm đơn giản hợp
