của Amida. Điều chúng ta có thể làm chỉ là đặt niềm tin vào lòng từ bi đó. Kết quả là
mọi sự phân biệt về lối sống của người ta ở đời này không có khác biệt gì đối với
Amida. Lý thuyết này có một ảnh hưởng rất sâu rộng đối với Phật giáo Nhật Bản nói
chung, với khuynh hướng ngày càng giảm thiểu sự khác biệt giữa đời tu và đời thế
tục. Một hậu quả lớn của khuynh hướng này là giới Tỳ khưu lập gia đình đã trở thành
quy luật trong nhiều trường phái, và các chùa chiền được lưu truyền từ cha sang con.
Shinran gọi trường phái của ông là Jòdo-shin-shū, "Tịnh Độ Chân Tông tạm dịch là
Trường phái Tịnh Độ Đích Thực".
Thế kỷ XII và XIII có sự du nhập Phật giáo Thiền của Trung Hoa sang Nhật Bản.
Hình thức đầu tiên là Rinzai, tiếng Trung Hoa là Liên Khí, nhấn mạnh việc sử
dụng công án (kung-an), được đưa vào bởi nhà sư Eisai (1141-1215). Kế đến là hình
thức Sòtò (tiếng Trung Hoa là Tào Động), chủ trương ngồi thiền trong tĩnh lặng, do
Dògen (1200-1253) đưa vào. Cả hai hình thức này đều trở thành phổ biến, nhưng lãnh
vực ảnh hưởng trong xã hội thì khác nhau. Trường phái Thiền Rinzai do các nhà cầm
quyền giới quý tộc bảo trợ và tập trung ở thủ đô, nên sẽ đóng vai trò quan trọng trong
việc quảng bá văn hóa Trung Hoa ở Nhật Bản. Ngược lại, phái Thiền Tào Động, thịnh
hành ở miền quê, nên đã thấm nhuần và phát triển một số lễ nghi và tập tục dân gian,
như các lễ nghi chôn cất người chết chẳng hạn.
Trường phái cuối cùng trong số các trường phái mới là một trường phái không có ở
nước ngoài, và vì thế có thể coi là trường phái phát triển đặc trưng duy nhất ở Nhật
Bản. Trường phái này phát xuất từ những học thuyết của Nichiren (1222-82). Vốn
được đào tạo là một tỳ khưu Thiên Thai, Nhật Liên (Nichiren) cảm thấy đau buồn
trước những thảm họa kinh hoàng của thiên tai và chính trị đang diễn ra ở Nhật Bản
thời đó, nên thấy cần phải có một cách thực hành tôn giáo mới. Ông đi tới kết luận
rằng những tai họa đó xảy ra là do sự bỏ quên những lời dạy đích thực của Phật và vì
thế nếu nước Nhật muốn tồn tại, cần phải đưa lời dạy đích thực này của Phật trở lại
Nhật Bản. Ông đồng hóa lời dạy đích thực với Đức Phật Thích Ca Mâu Ni vĩnh cửu
qua kinh Pháp Hoa, và khẳng định rằng Phật Thích Ca Mâu Ni được đồng hóa cả với
kinh Pháp Hoa và với mọi chúng sinh. Ông còn đi tới chỗ cực đoan là cho rằng mọi
hình thức thực hành khác của Phật giáo đều tích cực gây hại và ông cổ động nhà cầm
quyền xoá sạch mọi hình thức thực hành đó vì sự thịnh vượng của nước Nhật. Nhật
Liên Tông sẽ trở thành phổ biến trong giới buôn bán của Nhật.
Từ thế kỷ XIV tới XVI, có nhiều rối loạn tại Nhật, và các tu viện đều dính líu sâu đậm
với những cuộc rối loạn này - nhiều tu viện tổ chức những đội quân riêng của mình.
Kết quả của sự dính líu chính trị này là nhiều trung tâm tu viện bị các nhà cầm quyền
tiêu diệt ở thế kỷ XVI, gồm cả những tu viện của các trường phái Jòdo-shin-shū, Tịnh
Độ Chân Tông, và Thiên Thai. Từ đầu thế kỷ XVII Nhật Bản bị đặt dưới sự cai trị
chuyên chế của giới quân sự áp đặt một sự cô lập văn hóa hoàn toàn với thế giới bên
ngoài. Trong tình trạng bị cấm hoạt động này, Phật giáo rơi vào thái độ câu nệ hình
