Hồi giáo, và trong một số trường hợp đã đánh giá quá thấp mối nguy của quân thù ở
biên giới nên cuối cùng họ đã bị xâm chiếm hoàn toàn ở thế kỷ XII, khi người Hồi
giáo mở rộng sự hiện diện huỷ diệt của họ trên khắp miền Bắc của bán lục địa. Năm
1197 Nālandā bị chiếm. Vikramaśīla cũng chịu cùng số phận năm 1203. Tại những
đồng bằng miền Bắc Ấn Độ, các sử gia Hồi giáo ghi lại rằng các đại học ở đây lúc đầu
bị tưởng lầm là những pháo đài, và bị tàn phá không thương tiếc, các thư viện bị đốt
sạch, và những người cư ngụ trong đó bị tàn sát mà không kịp giải thích mình là ai và
làm gì
(162)
. Chẳng bao lâu sau, cả vùng lưu vực sông Hằng, đất thánh truyền thống
của Phật giáo, hoàn toàn nằm dưới quyền kiểm soát của các nhà cai trị Hồi giáo.
Chính các đại học đã bị phá huỷ hầu như ngay tức khắc, vì các nguyên tắc bất bạo
động cơ bản có lẽ đã ngăn cản sự bảo vệ quân sự từ phía các cộng đồng Phật giáo.
Nhưng các tập thể Phật giáo vẫn còn sống sót thêm mấy thế kỷ nữa trong những dúm
nhỏ ở miền Bắc Ấn Độ. Một người hành hương từ Tây Tạng, Dharmasvāmin, khi đi
tìm kiếm những bản kinh giữa những phế tích của Nālandā đã gặp một nhà sư tên là
Rāhulaśrībhadra đang dạy văn phạm chữ Phạn cho một nhóm học trò vào năm
1295.
(163)
Đa số người tị nạn trốn sang vùng Đông Nam Á qua ngả Miến Điện hay
sang Tây Tạng, hay xuống miền Nam Ấn Độ. Phần lớn các cơ sở và tổ chức Phật giáo
ở miền Nam Ấn Độ không bị ảnh hưởng do cuộc xâm lăng miền Bắc của người Hồi
giáo, và đã tồn tại thêm mấy thế kỷ nữa cho tới khi dần dần bị tan rã trước cuộc hồi
sinh của phái Siva từ thế kỷ VIII hay IX trở đi. Có bằng chứng cho thấy Phật giáo
Theravāda còn tồn tại ở Karnataka cho tới ít là thế kỷ XVI
(164)
và ở Tamil Nadu cho
tới tận thế kỷ XVII.
(165)
-ooOoo-