Mùa thu năm Đinh Mùi (1787) vua trở về Gia Định, nhớ ông lắm, bèn sai
Hộ bộ là Trần Phúc Giai, quản Tiểu sai đội là Tống Phúc Ngọc đi đón ông
về. Mùa hạ năm Kỷ Dậu (1789) ông từ Đại Tây về, vua yên ủi ông rằng:
Con ta đi góc biển chân trời đã 6 năm nay, ngày nay được hội họp là sự
may trời giúp cho. Các quan xin dựng làm Thái tử, vua lấy cớ là tuổi còn
nhỏ chưa cho. Mùa xuân năm Quý Sửu (1792) ông 14 tuổi, các quan lại cố
xin vua mới nghe theo. Sách lập làm Đông cung, phong là Nguyên súy
quận công, ban cho ấn có chữ " Đông cung chi ấn". Dựng phủ Nguyên súy,
đặt liêu thuộc, lấy văn vũ đại thần (1ễ bộ 1 viên, phó tướng 1 viên) giúp
làm việc phủ, việc nhỏ do các đại thần phân xử, việc lớn bẩm súy phủ quyết
định, để lập chính thể. Lại dựng nhà Thái học, đặt chức Phụ đạo, Đốc học,
Hàn lâm thị học, sớm hôm họp ở nhà Thái học, giảng đọc kinh sử. Đông
cung nói câu gì, làm việc gì, thị học chép cả. Hàn lâm viện chế cáo là Trịnh
Hoài Đức, Lê Quang Định sung chức thị giảng.
Mùa hạ năm ấy, vua thân đi đánh ở Quy Nhơn, để ông trở lại trấn thành Gia
Định. Mùa đông năm ấy, ông ra trấn Diên Khánh. Vua dụ rằng: Từ xưa các
đế vương, không ai là không học, thế cho nên Thái Giáp học mà làm cháu
hiền vua Thang, Thành vương học mà làm vua hiền nhà Chu. Ngươi vào
lúc việc binh thư rỗi, nên tuân theo lời sư phó, siêng giảng kinh sách, học
để nối sáng, ngày không chơi rỗi, thì khi có việc binh nhung đã có thể biết
sai tướng điều binh; trong lúc thái bình, cũng biết tề nhà trị nước. Đến như
người bên tả bên hữu, nên chọn người ngay thẳng, không thể ở liền với
người không đứng đắn. Ngươi phải cố gắng đấy. Ông lạy xin vâng mệnh.
Khi đã đến Diên Khánh trăm họ hưởng ứng một cõi đứng yên.
Năm Giáp Dần, giặc Tây Sơn là Nguyễn Quang Toản sai tướng là Trần
Quang Diệu đem thủy binh vào cửa biển Nha Trang, Nguyễn Văn Hưng
đem bộ binh đến Bình Khang, hợp quân lại tiến sát đến thành Diên Khánh,
bổ vây ba mặt, ông gọi Vũ Văn Lượng vào thành chống giữ, sai Mạc Văn
Tô đóng đồn ở Tam Độc, Nguyễn Văn Nhân đóng đồn ở Long Cương,
Nguyễn Long đóng đồn ở Thượng đạo, để ngăn quân giặc và thông đường
