Sắc cho Phương là "An Tây trí dũng tướng". Kỳ đại kế xét công năm ấy,
vua dụ rằng: Nguyễn Tri Phương trước đấy giao cho chuyên giữ một địa
phương, dẹp yên Lạc Hóa, Ba Xuyên. Sau trao cho chức Khâm sai đại thần,
biên giới được yên, nơi xa phải phục, xếp đặt cho nơi cõi ven được không
có sự lo ngại, ghi công tốt vào cờ kỳ cờ thường. Thưởng thụ cho hàm Hiệp
biện Đại học sĩ, lĩnh Thượng thư bộ Công, sung Cơ Mật viện đại thần. Đến
khi xét công Trấn Tây, vua lại dụ rằng: An Tây trí dũng tướng Nguyễn Tri
Phương, trước đây chuyên giữ một phương diện, trải đi chiến trường một
trận đánh màược hai lần ở đồn Thiết Thằng, tiến sát đến Ô Đông. Khiến
cho Tù trưởng người Hạc mất vía, cõi xa đều qui hàng, chính là quan văn
mà công võ hăng hái thế, phong làm Tráng Liệt Tử. Khi việc võ cáo thành,
vua sai đúc súng lớn ghi công, sắc cho làm bài minh ghi công, khắc tên vào
cổ súng đồng Bảo đại định công, dựng bia ở miếu võ.
Tháng 9, Phương nhận tờ chiếu để lại sung làm Phụ chính đại thần.
Khi Dực Tông Anh Hoàng Đế mới nối ngôi, tấn phong là Tráng Liệt Bá.
Tự Đức năm thứ 1, tháng 7, kinh sư và các địa phương ít mưa. Tri Phương
cho mình làm chức vụ phụ thần, cùng với Trương Đăng Quế dâng sớ xin
nhận tội (lời ấy chép ở truyện Trương Đăng Quế).
Năm thứ 2, kinh thành và các địa phương trái hòa phát ra bệnh lệ khí. Tri
Phương cùng Đăng Quế, Thanh Giản trình bày 5 việc như các điều: chỉnh
lại hình ngục, hoãn việc binh, thuế, và chữa cho dân bị đau khổ đã lâu hồi
tỉnh lại. Vua đều thu nhận các điều ấy để thi hành.
Năm thứ 3, sai Phương sung chức Kinh lược sứ ở Nam Kỳ, lĩnh Tổng đốc
Định Biên, kiêm coi 2 đạo Long Tường và An Hà. Vua dụ Phương lấy
hưng việc lợi, trừ việc hại, chỉnh đốn quan lại yên họp nhân dân. Tri
Phương mang cờ tiết đến Nam, dâng sớ trình bày về đại lược, như: chiêu
tập dân làm đồn điền, cho biên giới được đủ lương thực; khoan dung cho kẻ
phạm trốn ra thú, để hết giặc cướp; giảm bớt việc làm sổ, đổi giấy tờ cho
các xã dân, để bớt phiền phức: và xét xử việc hình ngục, xét hỏi kẻ gian,
khoan ngạch thuyền, hoãn điều lính gồm 13 việc. Vua đều cho thi hành. Kỳ
đại kế năm ấy danh sách dâng vua, vua dụ rằng: Tri Phương là bề tôi giỏi
kỳ cựu, vốn tỏ ra trung thành liệt vào hạng sửa chữa sự lỗi, giúp đỡ việc