với Chính phủ Pháp, khéo léo đối phó, ngăn chặn bọn chỉ huy quân viễn
chinh Pháp ở Soái phủ Sài Gòn, nhằm tìm cách thu hồi lại sáu tỉnh đã bị
chiếm (xem Lục lợi từ và các tờ bẩm cuối năm 1866 đến tháng 2-1871).
- Về mặt quân sự, Nguyễn Trường Tộ tuy là một người "chủ hòa", nhưng
không có tư tưởng "chủ hàng" hoặc hòa bình vô nguyên tắc. Năm 1867,
ông khuyên triều đình "ra sức cải tu võ bị", đề phòng quân Pháp từ Nam Kỳ
đánh lan ra cả nước. Ông là người đầu tiên nêu lên một chính sách quân sự
có hệ thống như: trọng võ ngang trọng văn, quý trọng người lính, ưu đãi sĩ
quan, biên soạn lý luận binh pháp, đào tạo cán bộ chỉ huy, tạo dựng một
quốc thể về mặt binh bị, chuẩn bị điều kiện tác chiến trong thành phố, tìm
cách dùng người trong vùng địch chiếm, v.v...
Ngoài những bản điều trần và luận văn tạo nên một công trình trí tuệ vĩ đại
vô giá, Nguyễn Trường Tộ còn để lại một số hoạt động thực tiễn xuất sắc
như: Năm 1862 - 1863, ông thiết kế xây dựng tòa nhà nguyện của dòng tu
nữ ở Sài Gòn. Năm 1864 - 1866, ông thiết kế xây dựng bốn ngôi nhà trong
giáo khu Xã Đoài. Mấy công trình này của ông thuộc về những công trình
kiến trúc đầu tiên theo kiểu châu Âu ở Việt Nam giữa thế kỷ 19. Cũng giữa
những năm 60 thế kỷ 19, khi hoạt động ở quê nhà, ông đã giúp Tổng đốc
Nghệ An Hoàng Tá Viêm đào Kênh Sắt, một công trình xưa kia Cao Biền
rồi Hồ Quý Ly dự định làm mà không làm nổi. Ngoài ra, ông còn vận động
dân chúng ở Xuân Mỹ, quê hương bên nhà vợ ông, cùng nhau dời làng từ
trong núi rừng đầy lam chướng ra nơi thoáng đãng, thuận lợi canh tác.
Trí tuệ lỗi lạc của Nguyễn Trường Tộ đã vượt hẳn lên trên tầm thời đại giữa
thế kỷ 19 ở Việt Nam. Vua Tự Đức tuy đã có lúc triệu ông "vào kinh để hỏi
việc lớn" và phái ông sang Pháp thuê thầy thợ, mua sách vở, máy móc, định
du nhập kỹ thuật (năm 1866 - 1867), nhưng nói chung, triều đình nhà
Nguyễn cũng như các nho sĩ, văn thân thời ấy chưa hiểu nổi luồng tư tưởng
của ông, nên chưa coi trọng đúng mức những kiến nghị cách tân của ông.
Trí tuệ lỗi lạc của Nguyễn Trường Tộ bị lãng quên như một luồng ánh sáng
rọi vào đám sương mù dày đặc.
Ông chết âm thầm ở làng quê Bùi Chu ngày 10 tháng 10 năm Tự Đức thứ
24, tức 23 tháng 11 năm 1871.