Tất nhiên, sự axít hóa đại dương không chỉ đe dọa các rạn san hô trong
lòng đại dương. Thật ra, ở một số vùng trên thế giới, các rạn san hô có lẽ sẽ
không thể sống đủ lâu cho tới khi sự axít hóa đại dương tiêu diệt chúng.
Bảng phân công những kẻ thủ ác còn bao gồm, và không chỉ: đánh bắt cá
cạn kiệt, điều khiến tảo tăng trưởng cạnh tranh với san hô; xả thải từ hoạt
động nông nghiệp, cũng khuyến khích sự tăng trưởng của tảo; phá rừng, vốn
dẫn tới sự lắng bùn và làm giảm độ trong của nước; và đánh cá bằng thuốc
nổ, mà khả năng hủy diệt tự nó đã giải thích hậu quả. Tất cả những sức ép
này khiến san hô dễ sinh bệnh. Bệnh dải trắng là một tình trạng nhiễm khuẩn
mà như cái tên cho thấy, tạo ra một dải mô chết hoại màu trắng. Nó gây
nhiều khổ sở cho hai loài san hô ở Caribe, Acropora palmata (thường được
biết đến với tên gọi san hô nai sừng tấm) và Acropora cervicornis (san hô
sừng hươu), mà mãi gần đây vẫn là những lực lượng chủ đạo xây dựng san
hô trong vùng. Căn bệnh tàn phá hai loài này tới mức cả hai loài đã được
đưa vào diện “bị đe dọa cực kỳ nghiêm trọng” theo Hiệp hội Quốc tế về Bảo
tồn Thiên nhiên. Trong khi đó mức che phủ san hô ở Caribe trong những
thập niên gần đây đã suy giảm tới gần 80%.
Cuối cùng và có lẽ là quan trọng nhất trong danh sách những mối nguy là
biến đổi khí hậu - kẻ song sinh cũng độc ác không kém của sự axít hóa đại
dương. Những rạn san hô nhiệt đới cần hơi ấm, nhưng khi nhiệt độ nước
tăng lên quá cao, rắc rối sẽ xảy ra. Những lý do của hiện tượng này liên quan
tới thực tế là các san hô xây dựng nên rạn san hô sống một cuộc đời kép.
Mỗi cá thể polyp là một loài vật và cùng lúc lại là vật chủ cho các vi thực
vật được gọi là tảo đơn bào [
]. Tảo đơn bào tạo ra carbohydrate, qua quá
trình quang hợp, các polyp hấp thụ carbohydrate này cũng như nông dân gặt
bắp. Khi nhiệt độ nước tăng quá một điểm nhất định, nhiệt độ này thay đổi
tùy theo vị trí và tùy theo loài, mối quan hệ cộng sinh giữa san hô và các
khách thuê nhà của nó bị phá vỡ. Động vật nguyên sinh đơn bào bắt đầu tạo
ra oxy gốc tự do ở nồng độ nguy hiểm, và các polyp đáp lại, tuyệt vọng và
thường là tự làm hại mình, bằng cách đánh bật chúng ra. Không có các động
vật nguyên sinh đơn bào, vốn là nguồn gốc tạo ra màu sắc tuyệt đẹp của
chúng, san hô trở thành màu trắng, đây là hiện tượng sau này được gọi là
