Sau này, khi danh sách các loài tuyệt chủng của ông tăng lên, lập trường
của ông thay đổi. Ông xác định rằng đã xảy ra nhiều trận đại hồng thủy. “Sự
sống trên trái đất thường xuyên bị đảo lộn bởi những sự cố kinh hoàng,” ông
viết. “Các tổ chức hữu cơ sống không đủ số lượng đã là nạn nhân của những
thảm họa này.”
Giống như quan điểm của ông về thuyết transformisme, niềm tin của
Cuvier vào đại hồng thủy phù hợp với - thật ra có thể nói là một sự nối tiếp -
lòng tin của ông vào giải phẫu học. Do các loài vật là những đơn vị chức
năng cố định, phù hợp lý tưởng với hoàn cảnh của chúng, không có lý do gì
mà, trong tiến trình thông thường của các sự cố, chúng lại bị diệt vong.
Ngay cả những sự kiện có sức tàn phá lớn nhất từng được biết tới xảy ra ở
thế giới hiện tại - những vụ phun trào núi lửa chẳng hạn, hay cháy rừng -
cũng không đủ để giải thích cho sự tuyệt chủng; đối mặt với những thay đổi
như thế, các tổ chức hữu cơ đơn giản là di chuyển đến nơi khác và tiếp tục
sinh tồn. Những thay đổi đã dẫn tới sự tuyệt chủng vì thế hẳn phải ở một
tầm vóc lớn hơn nhiều - lớn tới mức các loài vật đã không thể thích nghi với
chúng. Việc ông và các nhà tự nhiên học khác chưa bao giờ quan sát được
những sự kiện cực đoan như thế là một chỉ dấu nữa của sự dễ thay đổi của tự
nhiên: trong quá khứ, nó đã vận hành khác - dữ dội hơn và tàn phá hơn - so
với hiện tại.
“Dòng chảy của các quá trình hoạt động đã bị phá vỡ,” Cuvier viết. “Tự
nhiên đã thay đổi tiến trình, và không yếu tố nào của mẹ tự nhiên ngày nay
lại đủ để tạo ra những gì bà từng làm trước kia.” Cuvier dành ra vài năm
nghiên cứu sự hình thành đá xung quanh Paris - cùng với một người bạn,
ông đã lập nên bản đồ địa tầng học đầu tiên của vùng lòng chảo Paris - và cả
ở đây nữa, ông cũng thấy những dấu hiệu của sự thay đổi do đại hồng thủy.
Những tảng đá cho thấy vùng này, ở nhiều thời điểm khác nhau, đã bị ngập
dưới nước. Sự chuyển đổi từ môi trường này sang môi trường khác: từ môi
trường nước mặn sang mặt đất, hay ở một số thời điểm, từ môi trường nước
mặn sang môi trường nước ngọt, theo Cuvier là “không hề từ từ”; thay vì
thế, điều đó đã xảy ra bởi đột ngột có “những cuộc cách mạng trên bề mặt
