Bộ sách gồm 28 tập, 66 quyển, trong đó tập đầu có bài Tựa nổi tiếng nói
về nghề y, thái độ, tư cách của người thầy thuốc và tập thơ Y lí thâu nhàn.
Tập cuối chính là cuốn Thượng kinh ký sự, thuật lại chuyến lên kinh thành
chữa bệnh cho nhà chúa. Giá trị sử học, văn học của tác phẩm này đã làm
cho sự nghiệp văn hóa của Lê Hữu Trác không kém gì sự nghiệp y học của
ông. Có thể nói 28 tập của pho bách khoa thư về Đông y Hải Thượng y tông
tâm lĩnh là 28 viên ngọc quý, 28 vị sao (nhị thập bát tú) của bầu trời Y học
phương Đông.
