Nhiều sử gia đã lí giải vì sao những kiến nghị đầy tâm huyết và những
phương sách có thể nói là "nằm trong tầm tay" mà Nguyễn Trường Tộ đưa
ra lại không được mảy may thực hiện.
Trước hết, những bản điều trần ấy chỉ có vài người được đọc. Đó là nhà
vua và bốn vị quan cao nhất nước (gọi là "tứ trụ đại thần") trong Cơ mật
viện - tổ chức cao cấp nhất của Triều đình, có ữách nhiệm bàn bạc và quyết
định các việc đối nội, đối ngoại lớn của quốc gia. Vậy mà tất cả những
người ấy lại có tính bảo thủ rất cao. Những vị quan ương Cơ mật viện không
đánh giá hết ý nghĩa các đề xuất của Nguyễn Trường Tộ. về cơ bản, họ nghi
ngờ động cơ và sự chân thành mong muốn dân giàu nước mạnh của ông vì
thành kiến ông là người công giáo. (Bấy giờ người theo đạo bị gọi là "dìu
dân" tức "dân xấu" để phân biệt với "lương dân"). Lại thêm có thời gian
Nguyễn Trường Tộ từng làm công việc phiên dịch ở soái phủ Pháp tại Sài
Gòn, nên sự nghi ngờ càng tăng. (Sau này, khi Pháp chiếm ba tỉnh miền Tây
đã có những ý kiến "phải xử tử" ông. Họ giao cho các quan địa phương ở
Nghệ An điều tra tưng tích ông thì được tâu trình như sau: "Tên Trường Tộ
biết khá nhiều về tình thế nước ta, lại là đệ nhất thông ngôn cho giám đốc
Tây, chỉ vẽ mọi việc thông dịch, xử lí trong các giấy tờ qua lại, đều do y cả...
Y vốn theo tà đạo, làm đạo trưởng, chẳng biết gì mà bàn lếu láo đến công
việc, thật là không phải"). Đã coi thường và nghi ngờ đến thế thì làm sao các
đại thần mang trọng trách ở Cơ mật viện có thể tin theo lời ông?
Cũng do bảo thủ mà những người có quyền lực nhất của đất nước ấy
không thấy cần thiết phải cải cách, canh tân. Một thành viên của Cơ mật
viện, quan Phụ chính đại thần, Đại học sĩ Trần Tiễn Thành đã tỏ ra rất bực
khi Nguyễn Trường Tộ luôn nhắc nhở Viện lưu ý đến kiến nghị của mình.
Ông ta tâu vua: "Cái khoản này năm trước y cũng đã trình bày chưa tiện thi
hành, nay lại đề cập, viện dẫn lí thế hiện tại và điển cố biện thuyết, chẳng
qua chỉ là muốn tỏ ra có lòng vì mình mà thôi. cần bác đi vì thời sự khó thực
hành, đó là ý kiến đã được thương nghị cùng thần Nguyễn Tri Phương, thần
Phạm Phú Thứ, tất cả đồng ý như vậy".
