Pháp phong ông làm viện sĩ (officier d'Academie), nâng Trương Vĩnh Ký
lên ngang hàng các học giả ở châu Âu.
Năm 1888, Trường Thông ngôn đóng cửa, Trương Vĩnh Ký về hưu khi
mới ngoài 50. Ông sống ẩn dật tại nhà, với danh hiệu Nam Trưng ấn sĩ do
vua Đồng Khánh ban tặng. Sống trong cảnh thanh bần và bệnh tật, ông vẫn
mải mê tập trưng vào việc khảo cứu, trước thuật, viết những quyển sách
thuộc nhiều thể loại, thể hiện một sự tinh thông cả hai nền văn hóa Đông -
Tây và sự am hiểu sâu sắc nhiều lĩnh vực văn hóa, khoa học...
Ngày 1-9-1898, Trương Vĩnh Ký qua đời vì ho lao ương cảnh nghèo túng
và mắc nợ. Song ông đã để lại một gia tài văn hoa khổng lồ gồm 118 tác
phẩm "khiến người ta phải ngạc nhiên và gần như khiếp đảm bởi số lượng
và tính đa dạng của chúng" (Nguyễn Văn Tố). Đó là chưa kể khoảng 30
công trình chưa in và và một số còn đang biên soạn dở dang.
Một điều thú vị còn ít người biết là Trương Vĩnh Ký rất yêu thích làm
vườn. Dù bận rộn nhưng ông vẫn dành thời gian cho việc làm vườn để thư
thái tâm hồn. Người Cái Mơn quê hương ông khẳng định, các loài cây ăn
quả như sầu riêng, chôm chôm, măng cụt, bòn bon trồng tại Nam Bộ ngày
nay đều do chính ông mang giống từ Penang (Malaixia) về nước. Ông còn