Trong thâm tâm, Bảo Đại bổ nhiệm Ngô Đình Diệm vì tin thái độ chống
cộng điên cuồng của Diệm làm vừa lòng một số “diều hâu” ở Washington.
Dù có những tin đồn, chính quyền Eisenhower chính là người quyết định,
tin tức này được đón nhận ở Washington với sự thất vọng và dè dặt. Việc
bổ nhiệm Diệm chẳng mấy gây được hào hứng tại Sài Gòn. Sinh ra và lớn
lên trong một gia đình Thiên Chúa Giáo có quan hệ mật thiết với triều đình
Huế, Diệm bị nhiều nhân vật chính trị sành sỏi ở miền Nam ngờ vực. Tân
thủ tướng cảm thấy những chính trị gia người miền Nam quanh ông là
những người quá dễ dãi không đủ khả năng chống cộng. Vì thế, chẳng ngạc
nhiên trong thành viên chính phủ Diệm phần đông người miền Bắc và miền
Trung.
Khi nhận chức, Diệm tỏ ra không tán thành những điều khoản dàn xếp
đưa ra tại Hội nghị Geneva vào tháng 7-1954, sau khi kết thúc hội nghị ông
lập tức cho thấy không có ý định hiệp thương với cộng sản. Cảnh sát chính
quyền Sài Gòn bắt đầu quấy nhiễu những người có cảm tình với Việt Minh
ở miền Nam, đóng cửa những văn phòng uỷ ban mà Việt Minh lập ra để
thúc đẩy Tổng tuyển cử. Diệm đàn áp mạnh giáo phái Cao Đài và Hoà Hảo
vì thủ lĩnh của họ không hăng hái ủng hộ chính phủ Sài Gòn như trước kia
ủng hộ Việt Minh. Ông cũng tìm cách thanh lọc những thành viên chính
phủ có thiện cảm với Quốc trưởng Bảo Đại, người mà ông coi là tay sai của
bọn thực dân Pháp.
Thái độ hiếu chiến của Diệm thể hiện vào mùa đông năm 1954-1955 gây
nên nhiều lo lắng trong hàng ngũ quan chức Mỹ tại Sài Gòn và
Washington. Dù vậy, hội nghị Geneva kết thúc, chính quyền Eisenhower
quyết định sự tồn vong của một chế độ độc lập, không cộng sản ở Nam Việt
Nam là cốt yếu để bảo vệ lợi ích an ninh của Mỹ ở khu vực. Mùa thu năm
1954, tổng thống Eisenhower cử người bạn của ông, tướng J. Lawton
Collins (biệt danh “Joe sấm sét” vì tính quyết đoán khi ông là Tư lệnh quân
đoàn trong Thế chiến II) làm đặc phái viên tổng thống trực tiếp điều khiển
những hoạt động của Mỹ ở Nam Việt Nam. Tại Sài Gòn, Collins kiên trì
khuyên nên thay Diệm bằng một nhân vật ôn hoà hơn để Pháp và nhân dân
