Cuộc xung đột đẫm máu nhất diễn ra dưới thời kỳ perestroika là ở
miền nam Cavcaz và liên quan đến tín đồ Thiên Chúa giáo vùng Armenia
và tín đồ Hồi giáo Azerbaijan. Nó kéo dài trong nhiều năm mà không có
cách giải quyết. Armenia cho rằng Nagorno-Karabakh là một bộ phận lãnh
thổ của mình bị biến thành của Azerbaijan dưới thời Stalin năm 1923. Một
vùng đệm khác, Nakhichevan, cũng bị biến thành lãnh thổ của Azerbaijan.
Qua nhiều năm, ở Nakhichevan đa phần là người Azeris sinh sống. Đến
những năm 1980, ở vùng Nagorno-Karabakh, 85% cư dân ở đây là người
Armenia. Vùng này bị tách khỏi Armenia bằng một dải lãnh thổ nhỏ. Nhiều
năm trôi qua, Armenia khiếu nại lên Moskva về tình hình này nhưng không
được trả lời. Chủ trương công khai cho phép người dân Armenia có cơ hội
bày tỏ khát vọng của mình và suốt mùa đông năm 1987-1988, nhiều cuộc
biểu tình lớn được tổ chức ở Armenia và Nagorno-Karabakh đòi trả lại
Nagorno-Karabakh cho Armenia.
Người dân Armenia ở Nagorno-Karabakh cử nhiều đoàn đại biểu tới
Moskva ba lần trong suốt mùa đông để bày tỏ nguyện vọng của mình.
Không may cho Gorbachev, họ lại có ấn tượng là đòi hỏi của họ được chấp
nhận. Sở dĩ có sự hiểu lầm này là do lỗi của Abel Aganbegyan, một người
Armenia và là nhà cải cách kinh tế hàng đầu ở Moskva. Tháng 2/1988, Xô
viết vùng Nagorno-Karabakh bỏ phiếu về yêu cầu sáp nhập vào Armenia.
Xô viết Tối cao ở Moskva phản đối cuộc bỏ phiếu này và các đảng cộng sản
ở Azerbaijan và Armenia được chỉ thị lập lại trật tự ở đây. Bộ Chính trị cử
Ligachev và Razumovsky tới Baku, còn Yakovlev và Dolgikh tới Erevan
làm sáng tỏ vấn đề. Người Armenia không chịu từ bỏ đề nghị của họ nhưng
lại có cảm tưởng rằng Gorbachev nghiêng về phía Azerbaijan hơn. Người
Azeris tin ông sẽ đứng về phía họ. Các cuộc biểu tình vẫn tiếp tục diễn ra ở
Nagorno-Karabakh và Armenia, Moskva không lường hết mức độ nghiêm
trọng của tình hình này.
Khi lời đồn đại lan rộng rằng người Azeris bị người Armenia giết hại,
người Azeris đã tấn công người Armenia tại thị trấn Sumgait của người
