Tư tưởng của Moskva làm cho mọi việc trở nên phức tạp và chệch
hướng. Kunaev bị kết tội quản lý tồi, tham nhũng và bị sa thải khỏi Bộ
Chính trị và Ban Chấp hành Trung ương Đảng năm 1987. Một bài học
Moskva rút ra từ kinh nghiệm của Kolbin là không nên bổ nhiệm một người
Nga hay một người Ukraine làm lãnh đạo Đảng ở một nước cộng hòa
không phải Nga. Kolbin giữ chức đến năm 1989, sau đó Nazarbaev tiếp
nhận chức vụ này. Kazakhstan là nước cộng hòa mà Mikhail Sergeevich
cảm thấy bất ổn nhất.
Chiến dịch chống tham nhũng được công khai phát động tại nước cộng
hòa láng giềng Uzbekistan. Chiến dịch này nhen nhóm từ thời Andropov
(khi ông còn chưa có ảnh hưởng dưới thời Brezhnev) và mục đích là chĩa
mũi nhọn vào các nhà lãnh đạo Đảng và chính quyền ở đây. Ông chủ mới
trong bộ máy Đảng, Inamzhon Usmankhodzhaev, thông qua kế hoạch hợp
tác điều tra với các thanh tra viên Moskva. Vụ nổi đình nổi đám nhất là vụ
buôn bán bông ở Uzbekistan. Vụ việc này liên quan đến việc lừa đảo bán
bông cho nhà nước, phóng đại số lượng bông thu hoạch hàng năm là
600.000 tấn/năm. Với con số thu hoạch cao như vậy, nước cộng hòa này đã
được nhà nước trả một khoản tiền lớn. Âm mưu này lẽ ra không bị bại lộ
nếu người ta không biển thủ một số tiền lớn, trong đó các quan chức ở
Moskva cũng tham gia. Hơn 18 nghìn đảng viên bị trục xuất khỏi
Uzbekistan. Moskva bàng hoàng vì Uzbekistan từ lâu được coi là trung
thành với Liên bang. Moskva muốn dạy cho các dân tộc này một bài học.
Moskva nhìn nhận nạn tham nhũng ở đây khác hẳn ở Tashkent, cũng như ở
Alma Ata. Đó là cách duy nhất để Uzbekistan hay Kazakhstan có thể tự bảo
vệ mình chống lại Liên Xô. Người Uzbekistan cảm thấy buồn lòng hơn khi
những người thay thế các quan chức bị sa thải trên lãnh thổ của họ hầu hết
là người Nga. Những người này hầu như không hiểu biết gì về đất nước
cộng hòa này, họ cũng không nói được tiếng địa phương, và người
Uzbekistan lại phải chịu sự lãnh đạo của người ngoài.