không thể che giấu những lần tới “Canossa” để xưng tội, thậm chí chỉ là để
bảo vệ vương miện của mình, ông cũng không tính tới khả năng bị sát hại
tại thánh đường. Kết quả của cuộc xung đột này là một sự bế tắc kéo dài,
đặc biệt sau khi Giáo hoàng rút phép thông công đối với hoàng đế và sau
đó, ông phải sống lưu vong khỏi thành Rome gần 5 năm. Tuy nhiên, cuối
cùng Giáo hoàng Pius đã chiến thắng, quyền lực tinh thần của ngài đã được
củng cố bất chấp sự phản đối những năm sau đó.
Cũng cần xem xét lại sự xung đột trên phương diện cá nhân. Có nhiều lý do
cơ bản, trong đó có một số lý do bắt nguồn từ đế chế cũ nên trước tiên, cần
phải phân loại. Về cơ bản, chúng bắt nguồn từ chính quan niệm của
Napoleon về cách thức thiết lập mối quan hệ giữa nhà thờ và nhà nước qua
Giáo ước thông qua việc vận hành và áp dụng các điều khoản cơ bản. Jean
Gordel, trong một nghiên cứu chi tiết về nhà thờ tại khu giáo dân Grenoble
(Isère) đã nhận định có ba nhân tố “căng thẳng” ảnh hưởng tới mối quan hệ
đó và giải thích tại sao Napoleon lại từ bỏ chính sách nhà thờ của mình một
cách thiếu khôn ngoan như vậy. Trước thời kỳ ly giáo của những năm cách
mạng, các cuộc xung đột xã hội có liên quan tới nhà thờ Pháp thường xảy ra
giữa những người theo chủ trương Giáo hoàng có toàn quyền (những người
ủng hộ quyền lực tuyệt đối của Giáo hoàng) và những người theo giáo phái
Jansen (những người ủng hộ “quyền tự do Gallican” và chính phủ). Trên
thực tế, rất khó phân tách các vấn đề đơn thuần về tôn giáo như thuyết thần
học hay quyền phong chức của Giáo hoàng ra khỏi các sự kiện thực tế của
đời sống như thuế tăng lữ của Pháp hay ảnh hưởng của chúa Jesus tới giáo
dục, luật tôn giáo và quyền kiểm duyệt.
Napoleon tin rằng, dựa vào quyền lực thật sự, ông có thể khai thác lợi ích từ
mâu thuẫn của cả hai phe cánh đối lập đó. Mặt khác, nếu ông ủng hộ quan
điểm của luật giáo xứ Gallican vốn được biện minh là hành động phòng vệ
chính đáng trước sự can thiệp của Giáo hoàng, ông đã chống đối lại liên
minh trước đó với các nguyên tắc cơ bản của tín đồ giáo hội Scotland đã
được các nhà cải tổ giáo phái Jansen ủng hộ. Do vậy, ông đã nâng cao
