Tin chiến thắng hoàn toàn miền Nam bay về Quy Nhơn, Sơn Vương
lên kế hoạch chuẩn bị. Sau khi đăng quang sẽ cải tổ hành chánh sự nghiệp,
sắp xếp tổ chức như sau:
Gia Định xa thành Hoàng đế giao cho tổng đốc Châu phò Phạm Ngạn,
chỉ huy các cựu thần nhà Nguyễn đã quy phục cùng chăm lo sửa sang trị
an. Bỏ doanhtrấn chỉ đề từ Phủ: Trấn Biên, Phiên Trấn và Long Hồ. Mỗi
phủ có một Am phủ sứ cầm đầu. Dưới phủ có nhiều huyện, huyện chia
thành nhiều xã, xã có nhiều thôn. Mỗi cấp đều có người cầm đầu là quan:
Tri huyện, Chánh tổng, Lý trưởng trông coi.
Tương tự như vậy, từ Quảng Nam đến Bình Thuận, Sơn vương nhận
phần trách nhiệm trực tiếp chỉ đạo, đề thành sáu phủ: Quảng Nam, Quảng
Ngãi, Quy Nhơn, Phú Yên, Diên Khánh và Bình Thuận.
Binh sĩ lúc bấy giờ chừng mười lăm vạn, chia thành sáu cấp chỉ huy:
Quân, Sư, Lữ, Tốt, Lượng và Ngũ. Ngũ gồm năm người. Trên mỗi cấp chỉ
huy đều nhân năm từ cấp dưới cận kề: năm Ngũ thành một lượng, năm
lượng thành một Tốt, năm Tốt thành một Lữ, năm Lữ thành một Sư, năm
Sư thành một Quân. Tổng số chừng mười hai quân đoàn cả thủy lẫn bộ. Bộ
binh gồm: tượng binh, kỵ binh và bốn Lữ đoàn nữ binh. Một con số chị em
vươn lên thực hiện quyền bình đẳng với nam giới trước đây chưa từng có,
Sơn vương cảm thấy tự hào ở triều đại mình.
Mặt khác, Vương còn chỉ đạo tuyển loại lính cũ (già yếu tật bệnh) cho
về nhà nghỉ, hoặc đưa lên căn cứ Tây Sơn thượng tham gia sản xuất và an
dưỡng. Mộ binh luyện tập thường xuyên, tiếp tục chiêu hiền đãi sĩ, không
ngừng phát động mở thêm xưởng đóng tàu ở các cảng, xây dựng lò đúc vũ
khí và tích trử lương thực. Nhưng chỉ thu thuế điền, vận động nhân dân tích
cực làm ăn sinh lãi để đóng góp, bãi bỏ hết các loại thuế khác…Cả thảy đều
khẩn trương chuẩn bị, chờ đạo quân nòng cốt về đông đủ tổ chức lễ đăng
quang.