một bản thông báo nội bộ cho các bộ trưởng chủ chốt vào ngày
21/1/1999, yêu cầu họ nghiên cứu xem liệu để cho MPR (Hội
đồng Tư vấn Dân tộc) quyết định cho Đông Timor tự tách khỏi
Cộng hòa Indonesia có khôn ngoan không. Ông đính kèm lá thư
của Howard, lá thư nhấn mạnh rằng ý kiến của người Đông
Timor là khăng khăng đòi một đạo luật về quyền tự quyết.
Habibie mất gần một tuần lễ để quyết định đối với việc chọn lựa
tự trị hay độc lập cho Đông Timor. Tháng 5, một hiệp định được
ký kết tại New York giữa Indonesia, Bồ Đào Nha và Liên Hiệp
Quốc để chuẩn bị cho một cuộc bỏ phiếu kín vào ngày
8/8/1999. Tháng 6, Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc chấp nhận
giải pháp thành lập UNAMET (U.N Assitance Mission to East
Timor – Phái đoàn trợ giúp Đông Timor của Liên Hiệp Quốc).
Nhưng vào tháng 2/1999, ngay sau thông báo gây sửng sốt
của Ali Alatas, những người Indonesia bắt đầu trang bị vũ khí
cho lực lượng dân quân ủng hộ sự hợp nhất. Việc tàn sát và đe
dọa của những người ủng hộ độc lập trở thành chuyện thường
ngày. Mặc cho tất cả các khó khăn này, UNAMET vẫn tiến hành
việc bỏ phiếu kín vào ngày 30/8, hầu hết mọi người đều đi bầu.
Khi kết quả được công bố ngày 4/9 với gần 80% bỏ phiếu cho
độc lập, thì tình hình trở nên lộn xộn. Đất nước bị phá hủy, tiêu
diệt một cách có hệ thống và dân chúng bị buộc phải di tản:
250.000 người phải dời sang Tây Timor, số còn lại chạy lên các
ngọn đồi.
Trong suốt một tuần dưới áp lực mạnh mẽ của quốc tế,
Habibie cuối cùng đã mời các lực lượng gìn giữ hòa bình quốc tế
vãn hồi trật tự. Hội đồng Bảo an Liên Hiệp Quốc chấp nhận giải
pháp cho phép triển khai lực lượng đa quốc gia đối với Đông
Timor (InterFET). Lẽ dĩ nhiên, InterFET phải được Úc chỉ đạo;
căn cứ gần nhất cho InterFET là Darwin. Thế nhưng người Úc
