Trước hết là những cuộc hành quân càn quét dân quân kháng chiến tại vùng
Đồng Tháp Mười.
Vào lúc khởi đầu năm 1866, tình hình Nam Kỳ được chính quyền xâm lược
tuyên bố là yên ổn và có nhiều triển vọng. Người Pháp đã thu về cho họ
hơn 5 triệu đồng quan (francs). Tình hình các tỉnh yên ổn. Khi trở lại Sài
Gòn, la Grandière đã được nhiều tầng lớp người An Nam và người Hoa bề
thế đón rước chào mừng. Trở lại Sài Gòn, la Grandière đã mang theo nhiều
bằng tuyên dương công trạng và huy chương danh dự của chính phủ Pháp ở
Paris để tưởng thưởng những người bản xứ đã và đang hợp tác với đoàn
quân viễn chinh xâm lược Pháp: đốc phủ Trần Tử Ca, đội Huỳnh Công Tấn
được huy chương danh dự (Méaille de la Légion d honneur, thường được
gọi là mề đai điều vì nó có nền toàn màu đỏ, một loại huy chương cao cấp
của người Pháp giống như Bảo Quốc Huân Chương của Việt Nam Cộng
Hòa trước năm 1975. Đồn rằng, người đeo mề đai điều được mọi người
Pháp ở bất cứ nơi đâu kính trọng và sẽ được giảm nhẹ án khi người đeo mề
đai điều phạm tội hình sự), đội Trần Bá Lộc được thưởng huy chương quân
đội (la médaille militaire, giống như anh dũng bội tinh của Việt Nam cộng
Hòa trước 1975). Các thế lực từ các nước lân bang đều tỏ dấu hiệu thân
thiện với người Pháp ở Nam Kỳ.
Tuy nhiên, vẫn còn vùng Đồng Tháp Mười, nơi chứa chấp và là mật khu
của dân quân kháng chiến Nam Kỳ thường gọi là bưng biền. Tiếp nhận
súng óng đạn dược từ Hà Tiên, Rạch Giá đưa vào bưng, dân quân kháng
chiến tiếp tục gây rối và tạo khó khăn cho lịch trình thi hành chính sách
thuộc địa của người Pháp trên toàn cõi Nam Kỳ hạ. Thống soái la
Grandière đã lưu ý triều đình Đại Nam về tình hình bất ổn ở vùng Đồng
Tháp và cảnh cáo rằng những cuộc xuất quân từ bưng biền để đánh phá đồn
bót của đoàn quân viễn chinh Pháp là vi phạm trầm trọng hòa ước Nhâm
Tuất (1862). Để đáp lại, quan binh địa phương và triều đình Huế chỉ trả lời
xin cho có hình thức theo thủ tục ngoại giao.
Ngày 20 tháng 1 dl năm 1866, Phan Thanh Giản đã được triều đình Huế cử
làm Kinh lược đại thần 3 tỉnh miền Tây. Người Pháp chờ đợi ông Phan
Thanh Giản sẽ giải quyết được tình hình bất ổn tại vùng bưng biền Đồng