Ngay năm đó Borri theo hai L.m. Buzomi và Pina đến lập cơ sở truyền giáo
ở Nước Mặn. Năm 1621, Borri rời Nước Mặn và cũng rời Đàng Trong luôn
để về Áo Môn. Năm 1623 người ta thấy ông có mặt ở Goa. Sau đó ông về
Bồ Đào Nha dạy Toán tại trường Đại học Coimbra. Tuy Borri chỉ sống ở
Đàng Trong có 3 năm, nhưng ông khá thành thạo tiếng Việt và hiểu biết
nhiều về xứ này. Borri lại rất giỏi về Toán, Thiên văn và khoa Hàng hải.
Khi vua Philipphê nước Tây Ban Nha nghe biết Borri đang nêu nhiều
thuyết mới ở Coimbra, liền vời ông sang Madrid để trình bày những khám
phá của ông.
Chính Borri đã viết một cuốn sách bằng Bồ ngữ bàn về nghệ thuật
đi biển
, nhưng cho đến nay cuốn sách chưa được xuất bản mà vẫn còn
nằm ở Evora (Bồ Đào). Ông cũng viết cuốn sách chỉ dẫn đi Ấn Độ
bằng
tiếng Ý, nhưng chưa soạn xong. Cuốn sách của Borri làm chấn động dư
luận lúc đó hơn cả viết về Ba tầng trời : khí, hành tinh, thiên khung
. Sách
soạn bằng La ngữ và mãi khi ông qua đời được 9 năm rồi mới xuất bản.
Năm 1631, Borri cho ấn hành ở Lisboa một tập về Thiên văn soạn bằng La
ngữ
.
Khi Borri ở Coimbra và Madrid nêu ra chủ thuyết ba tầng trời gây
xôn xao trong nhiều giới, nên L.m. Vitelleschi Bề trên Cả Dòng Tên phải
gọi ông về La Mã. Có lẽ cũng vì vậy một phần mà vào khoảng đầu năm
1632 ông xin xuất Dòng Tên, để vào tu trong Dòng « Bernardins de Ste
Croix de Jérusalem » ở La Mã ; nhờ có phép đặc biệt của Tòa Thánh, chỉ
sau ba tháng Nhà Tập, ông được phép khấn trong Dòng đó. Nhưng ông lại
không khấn, nên tự ý xin ra khỏi Dòng này, rồi xin gia nhập tu viện Xi tô
cũng ở La Mã. Tu được mấy tháng, Borri bị nhà Dòng trục xuất, ông liền
kiện nhà Dòng và ông đã thắng kiện. Trong khi đi báo tin mừng đó cho một
vị giám chức ở La Mã, thì ông bị chết giữa đường ngày 24-5-1632
.
Bây giờ chúng ta nhìn vào cuốn sách của Borri viết về Đàng Trong
để trích ra những chữ quốc ngữ trong đó. Cuốn sách được xuất bản
lần