Hội để phúc âm hóa và cơ cấu hóa, cũng như các thần học gia có thì giờ
suy tư và sáng tác.
Người đầu tiên hệ thống hóa tư tưởng Kitô Giáo, phần lớn dựa vào
triết thuyết Hy Lạp, là Ðức Origen ở Alexandria (184 - 254), là người đứng
đầu khoa giáo lý ở đây. Dù rằng một số tư tưởng của người sau này bị coi là
sai lầm (về vấn đề ma quỷ cũng có thể được cứu chuộc và linh hồn thì đầu
thai), Ðức Origen được coi là một nguồn trích dẫn có thẩm quyền trong thế
kỷ tiếp đó. Ðức Origen chủ trương phải hiểu Kinh Thánh theo nghĩa biểu
tượng - những hình ảnh và câu truyện tượng trưng cho những chân lý sâu
xa hơn và cao cả hơn.
Thời gian tương đối êm ả của thế kỷ thứ ba đã giúp nhiều cộng đoàn
Kitô Giáo được thành lập một cách dễ dàng và vì thế rất lỏng lẻo. Vào năm
250, Hoàng Ðế Decius, vì sợ số Kitô Hữu ngày càng gia tăng nên đã ra lệnh
bách hại toàn thể Giáo Hội trong đế quốc. Trước mặt đại diện nhà cầm
quyền, Kitô Hữu nào từ chối không chịu thờ cúng các thần ngoại giáo đều
bị tử hình. Hàng ngàn Kitô Hữu vì sợ chết nên đã chối bỏ đức tin, mặc dù
cũng có một số sẵn sàng chịu tử đạo. Ðược một năm, cũng như lúc khởi
đầu, lệnh bách hại đột ngột chấm dứt, và xảy ra cuộc tranh luận về vấn đề
những người chối đạo có được tái gia nhập Giáo Hội hay không. Ðức Giám
Mục Cornelius của Rôma và Ðức Giám Mục Cyprian của Carthage chủ
trương rằng các giám mục có thể thay quyền Thiên Chúa để tha tội, dù tội
trọng, như chối bỏ đức tin, qua sự đền tội khắt khe và lâu dài. Novatian,
một linh mục của Rôma bất đồng ý và đã đứng ra thành lập một giáo hội
riêng gồm những người đã trung thành với đức tin khi bị bách hại. Giáo
Hội Công Giáo xác nhận rằng cộng đồng dân Chúa bao gồm cả những kẻ
tội lỗi chứ không chỉ những người chưa bao giờ phạm tội trọng.
Vấn đề này lại tái diễn sau cuộc bách hại của Hoàng Ðế Diocletian từ
năm 303 đến 311, mà trong đó các giám mục và linh mục buộc phải giao
nộp sách Phúc Âm và sách thiêng liêng để bị thiêu hủy. Sau khi cuộc bách
hại chấm dứt, một số Kitô Hữu ở Bắc Phi từ chối không công nhận thẩm
quyền của các giám mục và linh mục đã lẩn trốn trong cuộc bách hại hoặc
đã trao nộp sách thiêng liêng. Những Kitô Hữu này thành lập một giáo hội
