từ biến thể và cũng có những xử trí để ngăn chặn lạc giáo, tỉ như Tòa Thẩm
Tra.
Ðức Innôxentê III, người đầu tiên dùng danh xưng Ðại Diện Ðức Kitô,
đã chứng tỏ sự khôn ngoan của ngài trong cách giải quyết đối với các tu sĩ
dòng khất thực hay Phong Trào Khó Nghèo. Nhiều Kitô Hữu cảm thấy
chướng tai gai mắt vì của cải đang đổ về Tây Phương như một kết quả của
cuộc thập tự chinh và vì xã hội ổn định. Các Kitô Hữu này muốn sống cuộc
đời đơn giản khó nghèo trong phúc âm để noi gương Ðức Giêsu Kitô. Ðức
Innôxentê nhận thấy cần phải có tinh thần này trong sự cải tổ Giáo Hội, do
đó ngài tán thành các dòng tu mới của những người sống khó nghèo, còn
được gọi là Tu Sĩ Khất Thực, được sáng lập bởi Thánh Phanxicô Assisi
(1209) và Thánh Ðaminh Guzman (1215). Ðức Innôxentê III còn đem trở
về với Giáo Hội Công Giáo các tổ chức trước đây lìa bỏ Giáo Hội, tỉ như
Hội Người Nghèo ở Lyons, do Durand ở Huesca lãnh đạo, và Hội Người
Công Giáo Khó Nghèo. Một số cho rằng Ðức Innôxentê III là một chính trị
gia hơn là một vị thánh, nhưng không ai có thể từ chối rằng ngài đã thành
công hơn bất cứ vị giáo hoàng nào thời Trung Cổ trong việc kiên cường và
cải tổ Giáo Hội.
Vì đây là lịch sử cô đọng nên chúng ta không thể kể hết tất cả các giáo
hoàng xuất sắc của thế kỷ, nhưng cần đề cập đến hai công đồng đã tiếp tục
việc cải tổ Giáo Hội: Công Ðồng Lyons I (1245) và II (1274). Cả hai công
đồng được tổ chức ở Pháp vì áp lực chính trị trên các giáo hoàng ở Rôma.
Nước Pháp trung thành với đức giáo hoàng, và vị vua thánh thiện của Pháp,
Vua Louis IX (1214-70, sau này được phong thánh), đã hỗ trợ và bảo vệ
Giáo Hội. Vị giáo hoàng sau cùng của thế kỷ mười ba, Ðức Boniface VIII
(1294-1303), là một thí dụ điển hình về các thành quả của các giáo hoàng
thời bấy giờ. Ngài tiếp tục đả kích bất cứ sự can thiệp nào của chính phủ
vào nội bộ Giáo Hội, và trong chỉ dụ nổi tiếng của ngài, Unam Sanctam,
ngài tuyên bố thẩm quyền tuyệt đối của đức giáo hoàng trên Giáo Hội và
trật tự xã hội Kitô Giáo. Năm Thánh 1300 do ngài công bố rất thành công,
quy tụ trên một triệu người hành hương đến Rôma. Thẩm quyền của đức
