Các hoàng tộc Bourbon và Habsburg, là những người cai trị ở Pháp,
Tây Ban Nha và Áo, đã điều đình được với các giáo hoàng để trao cho họ
quyền bổ nhiệm các giám mục địa phương và họ có thể cấm phổ biến các
sắc lệnh của đức giáo hoàng. Trong phần lớn thế kỷ 18, những hoàng tộc
này đã thành công đưa các vị nhu nhược, dễ nhượng bộ lên ngôi giáo
hoàng, ngoại trừ Ðức Benedict XIV (1740-58). Khi Ðức Giáo Hoàng Piô
VI (1775-99) đến nước Áo để điều đình với Hoàng Ðế Joseph II nhằm
giảm bớt các ngăn cấm Giáo Hội Công Giáo ở đây thì đã bị hoàng đế đuổi
về không tiếp. Người kế vị là Ðức Giáo Hoàng Piô VII (1800-23) cũng
không khá gì hơn khi Napoleon tự xưng là Hoàng Ðế Rôma Thánh Thiện
vào năm 1804. Kể từ thời Trung Cổ, giáo triều đã bị giảm bớt quyền lực khi
các giáo hoàng ban bố chính sách cho các hoàng đế cũng như khi tấn phong
họ.
Có lẽ một thí dụ buồn thảm nhất về sự suy nhược của giáo triều và
tình trạng xáo trộn của Giáo Hội Công Giáo vào cuối thế kỷ mười tám là
việc Ðức Giáo Hoàng Clêmentê XIV đóng cửa dòng Tên vào năm 1773.
Các tu sĩ dòng Tên, là những người nổi tiếng trung thành với đức giáo
hoàng, đã bị nhiều áp lực và bị tấn công trong suốt thế kỷ mười tám. Họ giữ
vững lập trường thần học chống với các chủ thuyết thời Khai Sáng, do đó
họ trở nên kẻ thù của giới trí thức. Các phương cách truyền giáo của họ ở
vùng Viễn Ðông, đưa đến việc hội nhập đạo Công Giáo vào các văn hóa
truyền thống, đã bị điều tra từ năm 1633 và sau cùng bị kết án bởi các giáo
hoàng từ 1715 đến 1742. Các làng Công Giáo mà họ thành lập ở Paraguay,
Nam Mỹ, bị tấn công bởi các nhà cầm quyền Tây Ban Nha và Bồ Ðào Nha
vì các lý do chính trị. Sau cùng, một tổ chức mậu dịch với Tân Thế Giới do
vị linh mục dòng Tên người Pháp điều khiển phải sụp đổ, và dòng Tên ở
Pháp phải ngưng hoạt động để trả nợ. Bị áp lực từ mọi phía, Ðức Giáo
Hoàng Clêmentê đã đóng cửa dòng Tên, hậu quả là sáu trăm cơ sở tôn giáo
và hàng trăm trường học đã phải ngưng hoạt động, đồng thời trên hai mươi
ngàn linh mục và tu sĩ dòng Tên phải giải tán. Dòng Tên, từng tiên phong
trong cuộc Cải Cách Công Giáo và dẫn đầu việc truyền giáo ở khắp mọi
nơi trên thế giới, bây giờ không còn nữa.