Diện tích các hòn đảo kể trên cộng lại chỉ bằng nửa diện tích đảo Côn
Lôn. Đất canh tác ở đây không đáng kể, trừ mấy hòn đảo lớn như Hòn Bà,
Hòn Bảy Cạnh, Hòn Cau, các đảo khác trông như những trái núi đá vượt
lên khỏi mặt biển với những bãi cát nhỏ, chói lòa ánh nắng trong những
ngày đẹp trời.
Địa hình quần đảo Côn Lôn chủ yếu là đồi núi. Diện tích núi đồi là 6.328
héc ta, chiếm 88,4% tổng diện tích tự nhiên, đá lộ tương đối nhiều. Những
ngọn núi cao nhất đều ở đảo Côn Lôn, như Núi Chúa cao tới 515m. Ngọn
núi phía nam thị trấn Côn Đảo (núi An Hải) cao 577m.
Thị trấn Côn Đảo nằm trên một thung lũng hình bán nguyệt, dài từ 8 đến
10 km, rộng từ 2 đến 3 km, ba bề có núi bao bọc, mặt trông ra Vịnh Côn
Lôn (còn gọi là vịnh Đông - Nam hay Vịnh Đề Lao). Khu vực tương đối
bằng phẳng thứ hai là làng Cỏ Ống. Hai thung lũng này đất đai bằng phẳng,
có nhiều chỗ trũng tạo thành hồ nước và ruộng trồng lúa. Côn Đảo không
có sông mà chỉ có những dòng suối cạn, hai con suối đáng kể đều ở trong
khu vực thị trấn. Dòng suối thứ nhất bắt nguồn từ phía Sở Tiêu, Sở Lò
Gạch chảy vòng phía sau thị trấn và đổ ra vịnh Đông - Nam gần Sở Muối
An Hội. Dòng suối thứ hai bắt đầu từ khu vực Sở Ruộng dưới chân Núi
Chúa và chảy ra cống Lò Bò gần Mũi Lò Vôi. Đất đai nông nghiệp chiếm
3,2% tổng diện tích, chủ yếu tập trung ở hai khu vực này và ở Hòn Cau.
Khí hậu Côn Đảo là loại khí hậu đại dương. Nhiệt độ trung bình hàng
năm là 26,9°C. Lượng mưa trung bình là 2.200 mm. Côn Đảo có 2 mùa rõ
rệt: mùa mưa kéo dài từ tháng 5 đến tháng 11, mùa khô từ tháng 12 đến
tháng 4. Tháng một là tháng khô nhất trong năm. Mùa khô thời tiết mát mẻ
hơn, nhiệt độ trung bình là 24°C, tháng 2 là tháng mát nhất, nhiệt độ trung
bình là 22°C. Oi bức nhất là tháng 5, có lúc tới 34°C. Độ ẩm trung bình
hàng năm trên đảo là 80%.
Gió mùa Đông - Đông Bắc ở Côn Đảo thường rất mạnh, từ cấp 6 đến cấp
7, nhân dân ta gọi là gió chướng, gây nhiều trở ngại cho sinh hoạt. Người tù
thường lợi dụng mùa gió này để thả bè vượt ngục trở về đất liền.
