Tính cách của giáo đoàn Phật giáo là như thế cho nên không lạ gì
mà trong hai trận chiến tranh Nhật Thanh và Nhật Nga, đã có nhiều
nhà sư được gửi ra chiến trường (để cổ võ tinh thần binh sĩ và chấp
hành Phật sự khi có lính tử trận). Giáo đoàn còn mỹ hóa cuộc chiến,
vận động cung cấp vật tư, nói chung là tích cực hiệp lực với chính
phủ, đóng vai trò người lính tiền khu cho quyền lực quốc gia. Kể từ
khi "vụ án đại nghịch"
bùng nổ, để phòng ngừa những tư tưởng mà
họ cho là nguy hiểm, Thiền Tông đã tích cực tham gia vào hoạt động
của một ủy ban liên tôn tên là Sankyô Kaidô (Tam Giáo Hội Đồng,
1912) qui tụ các giáo phái Thần Đạo, Phật Giáo và Ki-Tô Giáo mong
lợi dụng họ. Những hoạt động như thế này là một cơ hội tuyệt hảo để
Phật giáo chứng minh rằng mình đã phục vụ cho quốc ích.
Lý do giáo đoàn Thiền Tông hiệp lực tích cực trong Hội đồng tôn
giáo nói trên vào thời điểm "vụ án đại nghịch" còn vì một số tăng sĩ
Lâm Tế và Tào Động bị vướng vào vụ án ấy. Uchiyama Kuudô (Nội
Sơn Ngu Đường, 1874-1911), một vị tăng Tào Động đã bị xử cực hình
vì bị kết tội là người theo xã hội chủ nghĩa. Chính ra ông chỉ hành
động tự nguyện như một tăng sĩ muốn giúp đỡ người nghèo. Về điểm
này thì việc làm của ông còn có tình người và tính cách tôn giáo hơn
cả những vị đang giữ địa vị trung tâm trong giáo đoàn. Ngoài ra, Inoue
Shuten (Tỉnh Thượng, Tú Thiên, 1880-1945), một tăng sĩ Tào Động bị
tình nghi có dính trong vụ án này nhưng chính ra ông chỉ được biết là
vì có lập trường chống chiến tranh và đã viết những bài trong tạp chí
Tân Phật Giáo để phê phán chủ trương trung quân ái quốc mà thôi.