Trong tình huống như vậy, tất nhiên nẩy ra nhu cầu điều chỉnh tư
tưởng xưa nay của tông môn và cả phương thức hành động. Các tăng
sĩ và các nhà tôn giáo học có nhiệm vụ nghiên cứu cho tôn giáo một tư
duy đặc biệt trong thời chiến. Do đó mà có những người như thầy trò
Yamazaki Ekishuu (Sơn Kỳ Ích Châu, 1882-1961) và Sugimoto Gorô
(Sam Bản Ngũ Lang, 1900-1937) đề xướng lối tu gọi là Kôdôzen
(Hoàng Đạo Thiền ) dựa trên tư tưởng hoàng đạo coi thiên hoàng là
trung tâm (Thiên Hoàng Tông). Trong tác phẩm Taigi (Đại Nghĩa,
1938), Sugimoto đã viết "Muốn thấu triệt Taigi là gì, trước tiên phải đi
sâu vào giáo nghĩa của Thiền và dứt bỏ việc chấp vào ngã" và "việc
tổng hợp chư tông chư học và đưa nhân loại đến cứu rỗi chỉ có thể tìm
thấy nơi một vị thần độc nhất tức là thiên hoàng", rõ ràng có ý hướng
muốn hợp nhất tư tưởng thiền với tư tưởng tôn quân. Ảnh hưởng của
Taigi rất lớn. Cùng một thời điểm và soạn theo một mục đích có
những cuốn sách kiểu Kojiki to Dôgen, Shinran (Cổ Sự Ký và Đạo
Nguyên với Thân Loan, 1941) của Imanari Kakuzen (Giác Thiền).
Cũng trong giai đoạn này, Hội biên soạn toàn tập của Bạch Ẩn
Hòa Thượng (Hakuin) đã cho xuất bản toàn tập của ông gồm 8 quyển
(1934-35) cũng như Thường Tế Đại Sư Toàn Tập (1937) do Kohô
Chisan (Cô Phong Trí Xán) biên tập. Thời này còn có nhiều công trình
giá trị về mặt nghiên cứu có tính học thuật nhất là về phương diện sử
học. Chẳng hạn liên quan đến Trung Quốc thì có cuốn Đệ Nhị Thiền
Tông Sử Nghiên Cứu (1941) và Đệ Tam Thiền Tông Sử Nghiên Cứu
(1943) của Ui Hakuju (Vũ Tỉnh Bá Thọ, 1882-1963)
, Nghiên Cứu
về Đạt Ma (1942) của Matsumoto Bunzaburô (Tùng Bản Văn Tam
Lang, 1869-1944). Liên quan đến Nhật Bản phải nhắc tới Nhật Bản
Phật Giáo Sử (1944-45) của Tsuji Zennosuke ("Thập" Thiện Chi Trợ,
1877-1955), Lịch sử Nam Thiền Tự (1936) của Sakurai Keiyuu (Anh
Tỉnh, Cảnh Hùng, 1909-1991), Lịch sử Tổng Trì Tự (1938) của
Kuriyama Taion (Lật Sơn, Thái Âm, 1860-1937), Công cuộc phát triển
về địa phương của Thiền Tông (1942) của Suzuki Taizan (Linh Mộc ,
