"Phàm mọi việc đều ủy thác cả, chỉ mỗi năm nộp thuế mà thôi”
38
. Không bàn đến mưu đồ của
Trịnh Kiểm là gì, nhưng rõ ràng là trong tâm tưởng sâu thẳm của mình, Nguyễn Hoàng đã
mưu tính đến việc xây dựng một lãnh địa riêng. Do vậy, điều trước tiên xuất hiện trong tư
tưởng của Nguyễn Hoàng nhất định phải là xây dựng một quân đội mạnh để bảo vệ mình,
đồng thời để bảo vệ vùng đất trấn giữ và mở rộng cương giới.
Tháng 10 năm Mậu Ngọ (1558), Nguyễn Hoàng vào nhậm chức ở Thuận Hoá, "những
người bộ khúc đồng hương ở Tống Sơn và những người nghĩa dũng xứ Thanh Hoa đều vui
lòng theo đi"
39
. Năm Kỷ Mùi (1559), vùng Thanh Hoá, Nghệ An bị lụt lớn, nhiều gia đình bị
mất nhà cửa, mùa màng thất bát, nhân dân đói khổ, nhiều người đã kéo nhau vào đất Thuận
Hoá để tìm kế sinh nhai.
Năm Nhâm Thìn (1592), sau khi mở cuộc tấn công quyết định vào Thăng Long, đánh
tan quân Mạc, về cơ bản kết thúc cục diện Nam - Bắc triều, Trịnh Tùng xưng Vương, xây
dựng Vương phủ, thâu tóm trong tay mọi quyền hành và biến vua Lê thành bù nhìn. Thời gian
này Nguyễn Hoàng đem binh thuyền ra yết kiến vua Lê, được sai đi đánh dẹp các dư đảng của
nhà Mạc ở các vùng Sơn Nam, Hải Dương, Sơn Tây, Thái Nguyên... và lập được nhiều chiến
công. Sự biến đổi của tình thế và vai trò nổi trội của Nguyễn Hoàng ở khắp cả trong Nam,
ngoài Bắc đã làm cho mâu thuẫn giữa hai tập đoàn Trịnh - Nguyễn phát triển đến mức không
thể dung hòa được nữa. Tháng 11 năm Canh Tý (1600), nhân việc được điều đi đánh Phan
Ngạn, Ngô Đình Nga, Bùi Văn Khuê ở cửa biển Đại An (Nam Định), Nguyễn Hoàng đã "đem
cả tướng sĩ, thuyền ghe bản bộ, đi đường biển thẳng về Thuận Hoá, để hoàng tử thứ năm là
Hải và hoàng tôn là Hắc ở lại làm con tin"
40
.
Trở lại Thuận Hoá, Nguyễn Hoàng quyết định đẩy mạnh việc xây dựng quân đội và
củng cố bộ máy chính quyền riêng, không nghĩ đến việc quay trở về yết kiến vua Lê nữa,
nhưng vẫn giữ quan hệ hoà hiếu, hằng năm nộp thuế và xin kết nghĩa thông gia với Trịnh
Tùng.
Tháng 5 năm Quý Sửu (1613), ở tuổi 89, trước lúc qua đời, sau gần 60 năm gây dựng
lực lượng, Nguyễn Hoàng đã di chúc lại cho con cháu và các cận thần: "Đất Thuận - Quảng
phía bắc có núi Ngang (Hoành Sơn) và sông Gianh (Linh Giang) hiểm trở, phía nam có núi
Hải Vân và núi Đá Bia (Thạch Bi Sơn) vững bền. Núi sẵn vàng, sắt, biển có cá muối, thật là
đất dụng võ của người anh hùng. Nếu biết dạy dân luyện binh để chống chọi với họ Trịnh thì
đủ xây dựng được cơ nghiệp muôn đời. Ví bằng thế lực không địch được, thì cố giữ vững đất
đai để chờ cơ hội, chứ đừng bỏ qua lời dặn của ta"
41
.
Người tiếp tục sự nghiệp của chúa tiên Nguyễn Hoàng là chúa sãi Nguyễn Phúc
Nguyên. Ngay sau khi thay cha làm trấn thủ Thuận Hóa -Quảng Nam, Nguyễn Phúc Nguyên
cho "sửa thành lũy, đặt quan ải, vỗ về quân dân, trong ngoài đâu cũng vui phục”
42
.
Tháng 3 năm Đinh Mão (1627), Trịnh Tráng đem quân đánh Nguyễn Phúc Nguyên,
nhóm lên cuộc Trịnh - Nguyễn phân tranh. Nguyễn Phúc Nguyên huy động các lực lượng
