Đẩu giúp đỡ, cấp cho đất và dân để sản xuất, tích trữ lương thảo, chiêu nạp tướng sĩ, chuẩn bị
cho công cuộc trung hưng nhà Lê. Nguyễn Kim xây dựng căn cứ ở vùng núi tây nam Thanh
Hoá thuộc biên giới Việt - Lào và đến năm Tân Mão (1531), Nguyễn Kim đã dẫn quân từ Ai
Lao về Thanh Hoá. Mạc Đăng Dung sai quân đi đánh, nhưng bị thua.
Đầu năm Quý Tỵ (1533), Nguyễn Kim tìm được một người con của vua Lê Chiêu
Tông là Lê Duy Ninh, đang nương náu ở Ai Lao và lập nên làm vua (tức vua Lê Trang Tông),
lấy niên hiệu là Nguyên Hoà - khởi đầu triều Lê Trung hưng. Nguyễn Kim được phong làm
Thái sư Hưng Quốc công, đảm trách mọi việc quân binh, triều chính.
Những năm sau đó, Nguyễn Kim mang quân về chiếm cứ một số địa phương vùng
Thanh - Nghệ và đến năm Quý Mão (1543), đưa Lê Trang Tông về Tây Đô, xây dựng các
hành điện, hành tại ở Vạn Lại, Yên Trường (Thọ Xuân, Thanh Hoá). Chính quyền vua Lê -
chúa Trịnh (gọi là Nam triều) đã kiểm soát được nhiều vùng đất rộng lớn từ Thanh Hoá đến
Quảng Bình. Đông đảo hào kiệt và nhân dân các nơi kéo về hưởng ứng, thanh thế ngày càng
thêm mạnh.
Trong số võ tướng đi theo Nguyễn Kim từ lúc khởi binh, nổi bật có Trịnh Kiểm, người
huyện Vĩnh Phúc (Vĩnh Lộc, Thanh Hoá), xuất thân bình dân, võ nghệ tài giỏi, được Nguyễn
Kim yêu mến, gả cho con gái là Ngọc Bảo và trọng dụng vào đốc suất việc quân, xông pha
trận mạc.
Năm Ất Tỵ (1545), Nguyễn Kim đem đại binh đi đánh nhà Mạc ở Sơn Nam. Đến Yên
Mô, bị hàng tướng nhà Mạc là Trung Hậu hầu Dương Chấp Nhất đầu độc sát hại. Ngay sau
đó, Trịnh Kiểm được vua Lê Trang Tông phong làm Đô tướng tiết chế, Bình chương quân
quốc trọng sự, Thái sư Lạng Quốc công, thống lĩnh quan quân, quyết đoán mọi việc. Cũng từ
đây, mối bất hoà âm ỉ bấy lâu giữa họ Nguyễn và họ Trịnh bắt đầu bộc lộ bằng những hành
động thanh toán lẫn nhau trong nội bộ triều chính. Cụ thể là, sau khi thâu tóm xong mọi quyền
hành trong tay, Trịnh Kiểm tìm cách loại bỏ dần ảnh hưởng của họ Nguyễn. Thậm chí, Trịnh
Kiểm đã lập mưu sát hại người anh vợ của mình -Tả tướng Nguyễn Uông (con trai trưởng của
Nguyễn Kim). Sớm biết được dã tâm nham hiểm của Trịnh Kiểm, Nguyễn Hoàng - con thứ
của Nguyễn Kim, nghe theo lời khuyên của Trạng Trình Nguyễn Bình Khiêm, đã nhờ chị gái
là Ngọc Bảo xin Trịnh Kiểm cho được vào trấn thủ đất Thuận Hoá để tránh nguy cơ bị ám hại.
Chưa rõ là có biết được mục đích riêng của Nguyễn Hoàng hay không, nhưng trước
hết là vì sự vững mạnh của Nam triều, nguyện vọng của Nguyễn Hoàng đã được Trịnh Kiểm
chấp thuận và dâng biểu lên vua Lê biện giải rằng: “Thuận Hoá là nơi quan trọng, quân và của
do đấy mà ra, buổi quốc sơ nhờ đấy mà nên nghiệp lớn. Nay lòng dân hãy còn tráo trở, nhiều
kẻ vượt biển đi theo họ Mạc, sợ có kẻ dẫn giặc về cướp, ví không được tướng tài trấn thủ vỗ
yên thì không thể xong. Đoan quận công là con nhà tướng, có tài trí mưu lược, có thể sai đi
trấn ở đấy, để cùng với tướng trấn thủ Quảng Nam cùng nhau giúp sức thì mới đỡ lo đến miền
Nam"
37
. Được vua Lê chấp thuận, Trịnh Kiểm đã trao trấn tiết cho Nguyễn Hoàng và căn dặn:
