Sáu khoa gồm có: Trung thư khoa, Hải khoa, Đông khoa, Tây khoa, Nam khoa và Bắc khoa.
Các quan chức ở phủ, huyện, châu trong thời Lê Nghi Dân (1459-1460) cũng có sắp xếp lại
nhưng các tài liệu cũ không ghi chép cụ thể.
Đến thời Lê Thánh Tông (1460-1497) bắt đầu tiến hành một cuộc chỉnh đốn, sắp xếp
lại đơn vị hành chính và bộ máy chính quyền các cấp. Sau một thời gian tiến hành, tổ chức
chính quyền thời Lê Sơ đã đạt đến đỉnh cao. Chính quyền trung ương gồm có 6 bộ: Lại, Hộ,
Lễ, Binh, Hình, Công do các thượng thư đứng đầu, bên cạnh bộ là 6 khoa có nhiệm vụ kiểm
soát công việc các bộ. Ngoài ra còn có 6 tự và một số cơ quan chuyên trách như Ngự sử đài
kiểm soát quan lại; Hàn lâm viện khởi thảo văn kiện; Quốc tử giám trông nom giáo dục; Quốc
sử quán biên soạn chính sử.
Năm Hồng Đức thứ 2 Tân Mão (1471), Lê Thánh Tông cho cải tổ lại bộ máy chính
quyền trung ương nhằm tập trung mọi quyền vào tay hoàng đế và kiểm soát chặt chẽ các cấp
địa phương. Theo đó, chức Tể tướng bị bãi bỏ, triều đình được đặt dưới quyền điều khiển trực
tiếp của nhà vua. Vua trực tiếp nắm quyền chỉ đạo mọi công việc quan trọng của nhà nước
cũng như mối liên hệ với các cơ quan thừa hành. Mọi công việc trong triều đình phải được
trình báo với vua và phải được vua đưa ra quyết định. Vua trực tiếp chỉ đạo 6 bộ, đồng thời là
người chỉ huy tối cao về mặt quân sự. Trong dụ "Hiệu định quan chế", Lê Thánh Tông khẳng
định: "Ngày nay đất đai, bản chương so với thời trước khác xa nhau lắm, không thể không tự
mình cầm lấy quyền chế tác, hết sức theo cái đạo biến thông"
4
. Nhà vua cũng ra lệnh ngăn
cấm các quý tộc, quan lại tổ chức quân đội riêng. Vua được coi là "con trời", là hiện thân của
"sức mạnh" và "chân lý". Uy quyền của vua là tuyệt đối.
Nhằm xây dựng và củng cố một bộ máy quan liêu trung thành, triều đình ban cho quan
lại nhiều quyền lợi: ruộng đất, bổng lộc, chức tước. Những quan lại trong bộ máy nhà nước
phong kiến Lê Sơ giai đoạn đầu chủ yếu là những tướng sĩ có công trong cuộc khởi nghĩa. Ở
các giai đoạn sau là những người trúng tuyển trong các kỳ thi do triều đình tổ chức; ngoài ra
còn là những con em tầng lớp quý tộc được tuyển lựa hoặc là do các quan lại địa phương tiến
cử theo yêu cầu của triều đình. Chế độ tuyển dụng, bổ nhiệm, lương bổng, phẩm tước của
quan lại đều có quy chế rõ ràng, thống nhất. Những quan lại thời Lê Sơ tuy không được ban
cấp thái ấp, điền trang như các vương hầu quý tộc thời Lý - Trần, nhưng nhà nước vẫn có chế
độ ban cấp ruộng đất bảo đảm cho họ được quyền sở hữu (ban cấp vĩnh viễn) và chiếm hữu
(ban cấp tạm thời) một số ruộng đất khá lớn khiến hầu hết những người đã gia nhập vào bộ
máy nhà nước đều trở thành địa chủ phong kiến. Ngoài ruộng đất được ban cấp theo phẩm
tước, các quan lại còn được cấp một số tiền hằng năm gọi là tuế bổng. Ví dụ: Chánh nhất
phẩm được cấp 82 quan tuế bổng; Chánh cửu phẩm được cấp 16 quan; những quan lại ở các
địa phương khi thừa hành công việc còn được cấp tiền chức vụ; khi đến nhậm chức được thu
tiền gạo cung mừng, v.v..
Nhằm ngăn ngừa khuynh hướng cát cứ, triều đình Lê Sơ thi hành một số biện pháp
hạn chế quyền lực của tầng lớp quý tộc quan liêu như không được phân phong đi trấn trị các
