Năm Mậu Dần (1698), Nguyễn Phúc Chu sai Thống suất Nguyễn Hữu Cảnh vào kinh
lược vùng đất Đồng Nai. Tại đây, ông tiến hành “chia đất Đông Phố, lấy xứ Đồng Nai làm
huyện Phúc Long (thăng làm phủ), dựng dinh Trấn Biên (Biên Hoà), lấy xứ Sài Gòn làm
huyện Tân Bình (thăng làm phủ), dựng dinh Phiên Trấn (Gia Định), mỗi dinh đều đặt các
chức lưu thủ, cai bạ, ký lục và các cơ đội thuyền thuỷ bộ tinh binh và thuộc binh… Thiết lập
xã, thôn, phường ấp, chia cắt giới phận, khai khẩn ruộng nương, định lệnh thuế tô dung, làm
sổ đinh điền. Lại lấy người Thanh đến buôn bán ở Trấn Biên lập làm xã Thanh Hà, ở Phiên
Trấn, lập làm xã Minh Hương. Từ đó, người Thanh ở buôn bán đều thành dân hộ (của ta)"
112
.
Lúc này, Chân Lạp chỉ còn tồn tại là một lực lượng yếu ớt và nội bộ mâu thuẫn, chia rẽ. Có
thế lực muốn dựa hẳn vào chúa Nguyễn và trái lại có thế lực lại muốn chạy theo vua Xiêm.
Các lực lượng đối địch luôn tìm mọi cơ hội thuận lợi để thôn tính, tiêu diệt lẫn nhau. Với việc
chúa Nguyễn tiếp tục dùng các biện pháp đối ngoại quân sự khôn khéo và hài hoà, đặc biệt
trong việc giúp Nặc Tôn lên ngôi vua Chân Lạp, những phần đất còn lại ở miền tây Nam Bộ
dần dần được chính vua Chân Lạp dâng cho chúa Nguyễn. Đến đây, toàn bộ vùng đất Nam Bộ
cả trên danh nghĩa và thực tế đã thuộc quyền cai quản của chúa Nguyễn.
Với tư tưởng đối ngoại quân sự hợp lý, lúc cương lúc nhu với chính quyền Chân Lạp,
các chúa Nguyễn đã thành công trong việc giữ yên biên giới phía Nam đất nước, đồng thời
chính thức sáp nhập hẳn toàn bộ vùng đất Nam Bộ vào lãnh thổ Đàng Trong. Trên các vùng
biên viễn, chính quyền Đàng Trong đã tổ chức các đơn vị hành chính và bộ máy chính quyền
đến tận các thôn xã, thực thi quyền lực nhà nước trong việc quản lý đất đai, hộ khẩu, trưng thu
các nguồn lợi tự nhiên và thu thuế qua việc trao đổi với thương nhân nước ngoài. Sài Gòn -
Gia Định dần dần trở thành trung tâm hành chính - chính trị, trung tâm kinh tế và văn hoá của
cả vùng đất Nam Bộ.
Như vậy, trong suốt thời kỳ 1527-1771, những mâu thuẫn chính trị, xã hội có xu
hướng dẫn đến việc giải quyết bằng các hoạt động quân sự. Đây cũng là điểm nổi bật trong
biên niên sử thời kỳ này. Chiến tranh luôn cận kề và trở thành mối quan tâm, cũng là niềm
quan ngại của mọi giai tầng xã hội.
Cả hai vương triều Lê Trung hưng và Mạc được dựng nên trong một bối cảnh xã hội
cực kỳ phức tạp và đầy những biến động. Tình trạng hỗn loạn từ những thập kỷ trước vẫn còn
để lại di họa cho cả Nam và Bắc triều. Mục tiêu chủ yếu của cả hai phía là tìm mọi biện pháp
để triệt hạ lẫn nhau. Cho nên, công việc quan trọng đầu tiên, kể cả triều Mạc và triều Lê Trung
hưng đều phải làm là xây dựng và củng cố lực lượng quân sự vững mạnh. Ngay sau khi tạo
dựng vương triều Mạc - Bắc triều, Mạc Đăng Dung đã cho xây dựng Dương Kinh ở Hải
Dương làm thế "ỷ dốc” cho Thăng Long và coi đây là căn cứ dự phòng cho triều đình khi có
biến; đồng thời nhanh chóng cải tổ lại quân đội, tăng thêm quân số, chia đặt lại các vệ ty. Lực
lượng quân sự của Bắc triều tương đối đông đảo, có lúc lên đến 12 vạn người, được tổ chức
chặt chẽ và dùng chính sách kinh tế (chủ yếu là ruộng đất) và phong thưởng chức tước để
khuyến khích ưu đãi binh lính. Bắc triều cũng thường xuyên tuyển mộ thêm binh lính để bổ
