Vừa tác chiến vừa phát triển lực lượng, đến năm Quý Tỵ (1773), khi quân số đã có tới
vài vạn, anh em Nguyễn Nhạc bắt đầu "tính việc” đánh dẹp tập đoàn phong kiến cát cứ chúa
Nguyễn. Sau khi đánh chiếm được nhiều phần đất quan trọng thuộc phủ Quy Nhơn, "Đệ nhất
trại chủ” Nguyễn Nhạc đảm trách chỉ huy hai huyện Bồng Sơn và Phù Ly, “Đệ nhị trại chủ”
Nguyễn Thông chỉ huy huyện Tuy Viễn, "Đệ tam trại chủ” Huyền Khê chuyên phụ trách về
quân lương. Ngay sau đó, Nguyễn Nhạc tổ chức cho quân sĩ bao vây thành Quy Nhơn. Trước
thế lực áp đảo của quân khởi nghĩa, Tuần phủ Quy Nhơn là Nguyễn Khắc Tuyên cùng toàn bộ
binh lính bỏ thành chạy trốn. Quân Tây Sơn chiếm thành, rồi tiến lên đánh chiếm các kho
lương ở Kiến Dương, Đạm Thủy; tiếp đó phát triển tiến công đánh ra Quảng Ngãi, Quảng
Nam. Đến đất Quảng Nam, quân khởi nghĩa người Hoa và người Việt tại địa phương do hai
thương nhân Lý Tài và Tập Đình cầm đầu đã đến xin đi theo Tây Sơn.
Được tin cấp báo thành Quy Nhơn đã lọt vào tay Nguyễn Nhạc, Trương Phúc Loan vội
sai Nguyễn Cửu Thống, Nguyễn Cửu Sách, Tống Sùng và Đỗ Văn Hoàng mang quân từ Phú
Xuân vào đánh chiếm lại thành Quy Nhơn. Phát hiện được quân Nguyễn đã kéo đến Bến Ván
(Bản Tân - địa phận giáp ranh Quảng Ngãi và Quảng Nam), Nguyễn Nhạc lệnh cho quân sĩ lui
về Bến Đá (Thạch Tân, Thăng Bình, Quảng Nam) mai phục, đợi quân Nguyễn lọt gọn vào
trận địa, rồi bất ngờ xông ra chặn đầu, khoá đuôi, tả xung hữu đột, tiêu diệt phần lớn quân
Nguyễn; tiếp đó phát triển tiến công đánh chiếm phủ Diễn Khánh và Bình Khang. Cùng lúc,
quân của Lý Tài và Tập Đình đã bí mật mai phục ở khu vực núi Bích Khê (Phù Mỹ) đánh tan
cánh quân Nguyễn do Tiết chế Tôn Thất Hương chỉ huy.
Như vậy, đến hết năm Quý Tỵ (1773), quân Tây Sơn đã giành quyền kiểm soát được
cả một khu vực địa bàn rộng lớn, dân cư đông đúc từ Quảng Ngãi đến Bình Thuận. Đây là
những yếu tố cơ bản đầu tiên đảm bảo cho sự toàn thắng của phong trào nông dân Tây Sơn và
hình thành nên một vương triều mới - vương triều Tây Sơn.
Mùa hạ năm Giáp Ngọ (1774), quân Nguyễn ở Gia Định do Lưu thủ Long hồ Tống
Phúc Hiệp cầm đầu đã mở cuộc tiến công đánh chiếm lại các phủ Bình Thuận, Diễn Khánh,
Bình Khang và Phú Yên. Trước thế vượt trội của đối phương, Nguyễn Nhạc cho quân sĩ lui về
Quy Nhơn và Quảng Ngãi để củng cố, bổ sung lực lượng và tính kế đối phó. Song, chính thời
điểm này, chúa Trình cũng khởi binh nhằm "chiếm nốt vùng đất của chúa Nguyễn" và tất
nhiên là cả "dẹp loạn Tây Sơn" nữa.
Thực hiện ý đồ trên, chúa Trịnh Sâm phong Hoàng Ngũ Phúc làm Thượng tướng quân
cùng các tướng Hoàng Đình Bảo, Nguyễn Hữu Chỉnh mang 3 vạn quân tiến vào Nam. Tháng
11 năm Giáp Ngọ (1774), quân Trịnh vượt sông Gianh hạ đồn Cao Lao, chiếm Bố Chính, Lưu
Đồn, Dinh Trạm và Dinh Cát. Đến Bồ Đề (Minh Linh), Hoàng Ngũ Phúc đưa thư dụ chúa
Nguyễn Phúc Thuần đầu hàng. Trước sức ép của quân Trịnh và quân Tây Sơn trên cả hai mặt,
Nguyễn Phúc Thuần sai người trói Trương Phúc Loan nộp cho quân Trịnh, đồng thời dâng
nhiều vàng bạc cho Hoàng Ngũ Phúc xin bãi binh. Đầu năm Ất Mùi (1775), quân Trịnh tiến
