ngay và sẽ có ban tước thưởng, lời nói không hợp lý cũng bỏ đi, không bắt buộc"
2
. Đồng thời,
chăm lo đào tạo đội ngũ quan lại, sĩ phu trung thành với họ Nguyễn. Tháng 9-1788, Nguyễn
Ánh cho thành lập Viện Hàn lâm, cử Phạm Như Đăng, Trần Đại Luật, Trịnh Hoài Đức, Hoàng
Minh Khánh, Lê Quang Định, Ngô Tòng Chu tham gia chuyên trách các công việc của viện.
Năm 1791, mở khoa thi đầu tiên ở Gia Định, có hai hệ đệ nhất và đệ nhị, tuyển những người
thi đỗ vào học, trong đó có một số sau này được chuyển vào phục vụ trong quân đội họ
Nguyễn.
Trong thời gian củng cố, xây dựng lực lượng quân sự ở Gia Định, Nguyễn Ánh cử
người bí mật đến một số nơi do triều Tây Sơn quản lý, nhất là từ Thuận Hóa trở ra, điều tra
nắm tình hình, chiêu dụ nhân dân ủng hộ họ Nguyễn. Năm 1790, cai cơ Nguyễn Đình Đắc
được cử ra Bắc Hà thăm dò tin tức vua Lê và chiêu dụ tầng lớp địa chủ, quan lại ngoài Bắc.
Đầu năm 1791, Lê Đại Nghĩa, Nguyễn Đàn nắm tình hình Thuận Hóa báo với Nguyễn Ánh.
Sau một thời gian ngắn khẩn trương xây dựng lực lượng, đặc biệt là lực lượng quân sự, Gia
Định đã trở thành căn cứ tương đối vững chắc để Nguyễn Ánh làm bàn đạp mở các cuộc tiến
công quân Tây Sơn.
Theo dõi chặt chẽ mọi hoạt động quân sự của Nguyễn Ánh và nhận rõ nguy cơ đe dọa
đến sự an nguy của vương triều Tây Sơn, năm Nhâm Tý (1792), Quang Trung chuẩn bị mở
một cuộc tiến công lớn tiêu diệt quân Nguyễn ở Gia Định. Tiếc rằng, kế hoạch đã không thực
hiện được, do Quang Trung đột ngột từ trần ngày 29 tháng 7 năm Nhâm Tý (ngày 16-9-1792).
Đây là tổn thất lớn đối với triều Tây Sơn và dân tộc ta cuối thế kỷ XVIII. Nguyễn Quang Toản
nối ngôi nhưng còn ít tuổi, chưa đủ năng lực và uy tín nối nghiệp cha. Nội bộ triều Tây Sơn
phân hóa do tranh giành quyền lực, làm cho chính quyền mới bị suy yếu, trong đó về quân sự
không còn mạnh như những năm trước đó. Nhân cơ hội này, Nguyễn Ánh tập trung lực lượng
phản công vào các vùng địa bàn do triều Tây Sơn quản lý. Sau hai lần tiến công ra Phan Rí,
Bình Thuận vào các năm Canh Tuất (1790), và Nhâm Tý (1792) thất bại, tháng 4 năm Quý
Sửu (1793), Nguyễn Ánh huy động hai cánh quân thủy, bộ tiến đánh thành Quy Nhơn lần thứ
nhất. Trước đây, các sử gia Pháp khi đề cập đến quân Nguyễn, thường đánh giá cao vai trò
giúp đỡ của Bá Đa Lộc đối với Nguyễn Ánh, coi đó là nhân tố quan trọng bảo đảm cho thắng
lợi của quân Nguyễn. Thực tế trận đánh thành Quy Nhơn, trong bộ binh có khoảng 40 người
châu Âu thì có một người chỉ huy cả một đạo quân 600 người; còn thủy quân có 2 tàu phương
Tây, trang bị đầy đủ vũ khí. Trong tổng số quân và khí giới đó, không phải chỉ có Bá Đa Lộc
giúp, mà Nguyễn Ánh cũng chiêu mộ được một số người Anh, Bồ Đào Nha tham gia và nhờ
họ mua sắm thêm vũ khí. Nhờ sự giúp đỡ của tư bản Pháp và một số người Anh, Bồ Đào Nha,
Nguyễn Ánh đã có thêm vũ khí trang bị tăng cường cho quân đội. Song nguồn sức mạnh quân
sự chủ yếu chính là nỗ lực của Nguyễn Ánh và sự giúp sức của giai cấp địa chủ, một bộ phận
nhân dân Gia Định và vùng lân cận. Tuy nhiên, thực lực sức mạnh của quân Nguyễn còn hạn
chế, thêm vào đó là nạn bão lũ, Nguyễn Ánh buộc phải dừng cuộc tiến công, chỉ để lại một bộ
