Trình đầu hàng. Võ Tánh quy hàng và hiến kế cho Nguyễn Ánh nên nhân cơ hội quân Tây
Sơn đang tập trung ở Quy Nhơn đem quân đánh Phú Xuân.
Theo kế của Võ Tánh, Nguyễn Ánh để một bộ phận lực lượng, do Nguyễn Văn Thành
chỉ huy đối phó với Trần Quang Diệu, Vũ Văn Dũng ở Quy Nhơn, còn đại bộ phận lực lượng
nhanh chóng cơ động ra đánh thành Phú Xuân. Tháng 6 năm Tân Dậu (1801), Nguyễn Ánh
tiến công thành Phú Xuân. Bị tiến công bất ngờ với sức mạnh áp đảo của quân Nguyễn, sau
nửa ngày chiến đấu, quân Tây Sơn vỡ trận, tan rã. Nguyễn Quang Toản cùng một bộ phận
quân Tây Sơn bỏ thành chạy ra Bắc. Quân Nguyễn Ánh tràn vào chiếm thành Phú Xuân.
Tháng 7 năm Tân Dậu (1801), Nguyễn Ánh quyết định đánh thành Quy Nhơn (Bình
Định). Quân Nguyễn chia làm ba cánh: một cánh do Lê Văn Duyệt, Lê Văn Chất chỉ huy, từ
phía Quảng Ngãi đánh vào; một cánh do Nguyễn Văn Thành chỉ huy, từ cửa Thị Nại đánh lên
và một cánh do Nguyễn Văn Tính chỉ huy, từ phía Phú Yên đánh ra. Bị bao vây cô lập nhiều
ngày, nên trước sức tiến công mãnh liệt của quân Nguyễn từ nhiều phía, tháng 3 năm Nhâm
Tuất (1802), quân Tây Sơn bỏ thành rút vào rừng, sau đó sang Lào rồi chuyển ra vùng Nghệ
An. Nguyễn Ánh cử Nguyễn Văn Thành chỉ huy một bộ phận lực lượng ở lại trấn giữ Bình
Định, còn đại bộ phận lực lượng chuyển về Phú Xuân.
Sau khi ổn định tình hình Phú Xuân, Nguyễn Ánh phân công các tướng chỉ huy quân
phụ trách từng địa bàn. Nguyễn Văn Trương, Đặng Trần Thường đóng giữ vùng sông Gianh,
Lê Chất bố trí quân đóng giữ từ Đồng Hới trở vào. Tiếp đó, Nguyễn Ánh định lệ cho 4 vạn
quân đóng từ Bến Đá (Thạch Tân) đến sông Gianh, 3 vạn quân đóng ở Quy Nhơn (Bình
Định); đồng thời cử Trương Công Vỹ (người Bắc Hà) đem mật chỉ dụ tầng lớp địa chủ ngoài
Bắc và dân chúng các vùng Nghệ An, Thanh Hóa ủng hộ khi quân Nguyễn tiến ra đánh quân
Tây Sơn.
Vua Quang Toản rút ra đến Thăng Long, đổi lại niên hiệu là Bảo Hưng và truyền hịch,
kêu gọi nhân dân gia nhập quân Tây Sơn, chuẩn bị phản công quân Nguyễn. Trước khi tiến
quân ra Bắc, ngày 1 tháng 6 năm Nhâm Tuất (1802), Nguyễn Phúc Ánh (Nguyễn Ánh) lên
ngôi vua, lấy niên hiệu là Gia Long và định đô ở Phú Xuân (Huê), khai sinh ra triều Nguyễn.
Sau khi lên ngôi vua, mở đầu triều Nguyễn, ngày 1-6- 1802 (Nhâm Tuất), Gia Long cử
Nguyễn Văn Trương làm đại tướng quân, chỉ huy thủy quân và Lê Văn Duyệt làm đại tướng
quân, chỉ huy bộ binh, từ Phú Xuân tiến ra Bắc. Ngày 26 tháng 6, đạo quân thủy đánh tan
quân Tây Sơn ở Hoành Sơn và ngày 27 tháng 6, chiếm Hà Trung. Ngày 28 tháng 6, đạo quân
bộ tiến công, tiêu diệt quân Tây Sơn ở Đại Nại. Ngày 30 tháng 6, thủy quân tiến vào Cửa Hội,
đánh tan quân Tây Sơn, chiếm Vĩnh Dinh, bắt Nguyễn Lân (con Nguyễn Nhạc). Tiếp đó, quân
Nguyễn lần lượt đánh chiếm Nghệ An (2-7), Thanh Hóa (4-7), Ninh Bình, Phủ Lý, Nam Định
(8-7), bắt một số tướng quân Tây Sơn như Trần Quang Diệu, Bùi Thị Xuân, Vũ Văn Dũng,
Từ Văn Chiêu... Ngày 20-7-1802, quân Nguyễn mở cuộc tổng tiến công đánh bại hoàn toàn
quân Tây Sơn, chiếm thành Thăng Long. Bộ phận quân Tây Sơn còn lại gồm Nguyễn Quang
