phận lực lượng trấn giữ Phú Yên, Bình Thuận, thành Diên Khánh, còn đại bộ phận lực lượng
rút về Gia Định, chờ thời cơ thuận lợi để tiến công.
Sau một thời gian củng cố lực lượng, tháng 5 năm Đinh Tỵ (1797), Nguyễn Ánh tập
trung quân tiến công thành Quy Nhơn lần thứ hai và tháng 5 năm Kỷ Mùi (1799) đánh lần thứ
ba. Trước sức tiến công của quân Nguyễn, quân Tây Sơn do Lê Văn Thanh - Tổng binh trấn
thủ Quy Nhơn chỉ huy không thấy viện binh đến ứng cứu liền viết thư cho Nguyễn Ánh xin
trao thành ra hàng. Nguyễn Ánh chiếm thành Quy Nhơn, chiêu dụ dân chúng ban thưởng cho
những quan lại ủng hộ quân Nguyễn là 5.000 quan tiền và đổi tên Quy Nhơn thành Bình Định.
Sau đó, Nguyễn Ánh cử một bộ phận lực lượng ở lại trấn giữ Bình Định, còn phần lớn lực
lượng chuyển vào Gia Định.
Như vậy, ranh giới lãnh thổ kiểm soát của tập đoàn phong kiến nhà Nguyễn được mở
rộng và củng cố, từ Gia Định đến Diên Khánh. Đặc biệt, hậu phương của tập đoàn phong kiến
họ Nguyễn không hề bị quấy phá, Gia Định ngày càng ổn định về chính trị và phát triển về
kinh tế. Họ Nguyễn không những có đủ lương thực nuôi quân, sắm sửa vũ khí, mà còn tạo
được người tích trữ, bảo đảm cho binh lính chiến đấu dài ngày. Đại Nam thực lục chính
biên ghi: Năm Nhâm Tý (1792), nhà Nguyễn đặt những nhà trạm và kho chứa gạo, từ Gia
Định đến Bình Thuận, mỗi nơi chứa từ 500 đến 1.000 phương gạo. Cuối năm Đinh Tỵ (1797),
Nguyễn Ánh lệnh chuyển 1.000 phương gạo từ Gia Định ra chứa ở đồn Ma Ly, miền núi gần
Phan Rang. Tháng 6 năm Mậu Ngọ (1798), vận tải từ Gia Định lên trữ ở Diên Khánh với
12.100 phương gạo, 55.500 hộc thóc. Tháng 2 năm Kỷ Mùi (1799), đặt 3 kho tạm ở Cù Huân
để tích trữ 169.000 phương gạo, chuyển từ Gia Định tới. Cuối năm Kỷ Mùi (1799), chuyển
3.000 phương gạo và 7.000 quan từ Gia Định ra trữ ở đảo Hưng Phúc
3
. Sự ổn định về chính trị
và phát triển về kinh tế đã tạo thuận lợi cho Nguyễn Ánh tập trung lực lượng quân sự, uy hiếp
nghiêm trọng triều Tây Sơn. Đầu năm Canh Thân (1800), tương quan lực lượng quân sự đã có
sự thay đổi ngày càng có lợi cho tập đoàn phong kiến họ Nguyễn.
Tháng 2 năm Canh Thân (1800), quân Tây Sơn tiến công chiếm lại Bình Định.
Nguyễn Ánh chuyển quân về Cù Mông, đóng thêm 50 chiến thuyền và 20 thuyền hỏa công,
chuẩn bị cuộc tiến công mới. Tháng 2 năm Tân Dậu (1801), Nguyễn Ánh huy động 1.200
quân, đánh vào cửa biển Thị Nại gây thiệt hại nặng cho quân Tây Sơn, buộc Vũ Văn Dũng
phải rút bộ phận còn lại vào hợp sức cùng Trần Quang Diệu, giữ thành Quy Nhơn (Bình
Định). Đây là trận thắng quan trọng của quân Nguyễn, mở đầu giai đoạn chuyển sang tiến
công quân Tây Sơn.
Phát huy thế thắng, từ tháng 3 đến tháng 4 năm Tân Dậu (1801), Nguyễn Ánh cử
Nguyễn Văn Trương dẫn quân đánh chiếm Quảng Ngãi và Quảng Nam; sau đó, tập trung
1.000 quân và 300 chiến thuyền đóng giữ, nhằm chặn đường rút của quân Trần Quang Diệu
và Vũ Văn Dũng. Quân của Võ Tánh ở trong thành Quy Nhơn bị bao vây, gặp khó khăn do
thiếu lương thực, thực phẩm. Nhân cơ hội đó, Nguyễn Ánh cử người vào thành khuyên Võ
