Quân Ngũ phủ là một bộ phận quan trọng của quân đội do triều đình trực tiếp quản lý,
thường trực đóng giữ trên các địa bàn trọng yếu của đất nước. Lê Thánh Tông không phân
chia lực lượng này theo đơn vị hành chính mà chia binh thành các phủ. Các phủ quân dưới
thời Lê Thánh Tông lớn hơn các đạo trước kia, bao gồm 2 hoặc 3 đơn vị hành chính:
+ Phủ Trung quân gồm Thanh Hoá, Nghệ An.
+ Phủ Đông quân gồm Nam Sách, An Bang.
+ Phủ Nam quân gồm Thiên Trường và Thuận Hoá.
+ Phủ Tây quân gồm Quốc Oai, Thanh Hóa.
+ Phủ Bắc quân gồm Bắc Giang và Lạng Sơn.
Dưới phủ là vệ, sở, ty, đội. Mỗi phủ gồm 6 vệ, mỗi vệ gồm 5 hoặc 6 sở.
Mỗi phủ đặt một Đô đốc phủ thống suất gồm có các chức Tả, Hữu đô đốc, Đô đốc
đồng tri và Đô đốc thiêm sự đóng ở Kinh đô. Đứng đầu mỗi vệ có các chức Tổng tri, Đồng
tổng tri, Thiêm tổng tri. Đứng đầu mỗi sở là chức Quản lãnh, Phó quản lãnh.
Nhận xét về tổ chức quân Ngũ phủ, sử gia Phan Huy Chú viết: "Binh chế đời Hồng
Đức, đại lược ngoài Cấm Binh ra thì binh các đạo chia thành 5 phủ chức Đô đốc đứng đầu
nắm đại cương, các đô ty đốc suất các bộ thuộc, mà các vệ, các sở thì ở đạo nào chia thuộc
vào đạo ấy"
32
.
Quân số ở mỗi cấp cũng được quy định thống nhất. Mỗi ty có 100 người, mỗi sở có
400 người, chia thành 20 đội mỗi đội 20 người. TheoThiên Nam dư hạ tập, năm Đinh Hợi
(1467), ngoại binh có 154 sở gồm 61.600 người và số Thân binh trong kinh là 66 ty và 51 vệ;
số quân các đạo Thừa tuyên là 26 vệ.
Tại các đạo Thừa tuyên, nhà Lê đều tổ chức những đạo quân đóng giữ và quản lãnh
trong phạm vi Thừa tuyên đó. Quyền nắm giữ quân đội ở các đạo Thừa tuyên thuộc về Đô ty.
Mỗi Đô ty có Đô tổng binh sứ đứng đầu, dưới có các quan Tổng binh đồng tri và Tổng binh
thiêm sự giúp việc
Như vậy, đến triều vua Lê Thánh Tông, tổ chức quân đội Lê Sơ ngày càng được củng
cố, có một hệ thống tổ chức chặt chẽ và thống nhất, quân số dần tăng lên.
Tổ chức quân đội Lê Sơ không chỉ chặt chẽ, có hệ thống mà còn mọi quyền lực quân
sự đều tập trung trong tay vua. Vua trực tiếp nắm giữ quyền điều hành quân đội. Năm đô đốc
phủ thống suất lực lượng quân đội ở các phủ về phương diện sổ sách quân số nhưng không có
quyền điều động binh lính. Bộ binh phụ trách việc tuyển bổ các quan võ, điều khiển và huấn
luyện quân đội nhưng cũng không có quyền sai phái các tướng sĩ. Triều Lê Sơ không đặt chức
Tổng chỉ huy quân đội và bãi bỏ chức Tể tướng nhằm tập trung quyền lực quân chính vào tay
vua. Trong những lần xuất quân lớn, vua là người trực tiếp cầm quân.
