Những năm tiếp theo là những năm lãnh thổ Đàng Trong nhanh chóng mở rộng xuống
phía Nam. Đến thập kỷ cuối thế kỷ XVII và thập kỷ đầu thế kỷ XVIII, với việc đặt ra các dinh
Trấn Biên (Biên Hoà), Phiên Trấn (Gia Định), tổ chức các đội Hoàng Sa, Bắc Hải và việc Mạc
Cửu dâng đất Hà Tiên..., lãnh thổ Đàng Trong mở rộng xuống đến Hà Tiên, Cà Mau, ra tận
các hải đảo giữa biển Đông.
Năm Giáp Tý (1744), Nguyễn Phúc Khoát xưng vương, xây dựng chính quyền ở Phú
Xuân thành một triều đình riêng, biến xứ Đàng Trong thành vương quốc độc lập và đối lập với
Đàng Ngoài. Ông xuống chiếu đại xá thiên hạ, cho đúc ấn quốc vương xưng là Thiên vương
với các thuộc quốc và truy tôn hiệu các đời. Ông đổi Ký lục làm Lại bộ, Vệ uý làm Lễ bộ, Đô
tri làm Hình bộ, Cai bạ làm Hộ bộ và đặt thêm Binh bộ và Công bộ. Trên sáu bộ là "Tứ trụ đại
thần" gồm Tả nội, Tả ngoại, Hữu nội, Hữu ngoại. Ông cũng đổi Thân quân thành Ngự lâm
quân, đổi Văn chức làm Hàn lâm viện; đồng thời ra lệnh đổi áo mũ, thay phong tục cổ truyền
theo thể chế Trung Hoa
19
.
Nguyễn Phúc Khoát cũng tiến hành sắp xếp lại các đơn vị hành chính, chia đặt toàn bộ
Đàng Trong ra làm 12 dinh, gồm Chính dinh (kinh đô Phú Xuân) là Đô thành, Cựu dinh (Ái
Tử), Quảng Bình dinh (An Trạch), Lưu Đồn dinh (Võ Xá), Bố Chính dinh (Thổ Ngõa), Quảng
Nam dinh (Quảng Nam), Diên Khánh dinh (Diên Khánh), Bình Khang dinh (Bình Khang),
Bình Thuận dinh (Bình Thuận), Trấn Biên dinh (Phúc Long), Phiên Trấn dinh (Tân Bình),
Long Hồ dinh (Định Viễn). Tại các dinh, chúa Nguyễn đều đặt các chức Trấn thủ, Cai bạ và
Ký lục để cai trị. Mỗi dinh thường được giao quản hạt một phủ. Riêng dinh Quảng Nam quản
hạt ba phủ, trong đó các phủ Quảng Ngãi, Quy Nhơn có các chức Tuần phủ, Khám lý trông
coi. Khu vực Hà Tiên được đặt thành một trấn độc lập do Đô đốc đứng đầu. Bên dưới dinh là
cấp phủ (do Tri phủ đứng đầu) và cấp huyện (do Tri huyện đứng đầu); dưới huyện là tổng, xã
(khu vực đồng bằng), thôn, phường, nậu, man (khu vực miền núi và miền ven biển).
Khi mới vào Nam dựng nghiệp, chúa Nguyễn chọn tiến cử làm phương thức chủ yếu
tuyển dụng quan lại. Phương thức này vẫn còn được sử dụng rộng rãi cho đến cuối thế kỷ
XVIII, tuy nhiên từ giữa thế kỷ XVII trở đi đã bị thu hẹp một bước. Cũng bắt đầu từ năm
Bính Tuất (1646), chúa Nguyễn Phúc Lan quy định phép thi Hội vào mùa thu. Theo phép này,
cứ 9 năm một kỳ các học trò về khoa Chính đồ (tương tự thi Hương, thi Hội) và khoa Hoa văn
(thi lấy người viết chữ tốt ra làm Lại) đều đến công phủ để ứng thí. Chế độ khoa cử ở Đàng
Trong đã xuất hiện muộn, lại không được tổ chức đều đặn, nên số quan lại được tuyển chọn
theo con đường này không nhiều và không đóng vai trò thực sự quan trọng. Trong khi đó chế
độ mua bán quan tước, chế độ nộp tiền để được thăng chức càng ngày càng phát triển và trở
thành phương thức chủ yếu để tuyển chọn quan lại Đàng Trong ở thế kỷ XVIII. Hơn thế nữa,
chúa Nguyễn không cấp lương bổng cho quan lại, mà tất cả đều thu ở dân, đều bắt dân đóng
góp để nuôi bộ máy quan liêu ngày một phình to và có nhiều đặc quyền đặc lợi. Lê Quý Đôn
nhận xét: "Quảng Nam, Thuận Hoá chỉ hai trấn thôi mà họ Nguyễn đặt quan lại, thuộc ty,
