Để cách ly Trương Định ra khỏi phong trào chống thực dân Pháp ở
Nam Kỳ, triều đình đã thăng chức quan đầu tỉnh ở Phú Yên cho ông, và cử
Phan Thanh Giản đến thuyết phục ông bãi binh. Tuy nhiên, Trương Định
không phải là người ham vinh hoa phú quý, tham sống sợ chết, ông đã
quyết định ở lại kề vai sát cánh cùng nhân dân Nam Kỳ đánh thực dân
Pháp. Cảm phục tấm lòng vì dân, vì nước, đánh thực dân Pháp tới cùng của
ông, nhân dân đã suy tôn ông là Bình Tây đại nguyên soái. Việc chống lệnh
bãi binh và ở lại cùng nhân dân Nam Kỳ chống thực dân Pháp của Trương
Định đã làm tính chất của cuộc khởi nghĩa Trương Định thay đổi. Hành
động đó không chỉ chống lại thực dân Pháp xâm lược, mà còn chĩa mũi
nhọn tấn công vào cả triều Nguyễn đầu hàng.
Sau khi Trương Định mất (1864), cuộc đấu tranh chống thực dân
Pháp ở vùng Đồng Tháp Mười lại được quy tụ dưới sự chỉ huy của Võ Duy
Dương (Thiên Hộ Dương). Sợ để mất lòng người Pháp sẽ ảnh hưởng đến
chủ trương hòa nghị, Vua Tự Đức theo yêu cầu của thực dân Pháp đã ra
lệnh cho quan quân Nam Kỳ lùng sục bắt giữ Võ Duy Dương: "Bấy giờ
chủ súy Pháp thường cho là: ba tỉnh chứa giấu tên Thiên Hộ Dương cho
mượn khí giới giúp việc chinh chiến để làm cớ nói. Cơ mật thần xin tư cho
Kinh lược thần là Phan Thanh Giản, tùy nghi xử trí, bí mật bày tỏ tình
khoản, để làm cái kế giữ gìn"
53
. Vua bèn xuống dụ: "sai Kinh lược thần và
ba tỉnh thần dò xét, nếu có tên Dương và bọn người tòng phạm lén lút ẩn
náu trong hạt, phải bắt giao ngay, nếu không thì tư cho chủ súy Pháp tự tìm
bắt lấy"
54
.
Mặc dù triều đình để mất sáu tỉnh Nam Kỳ (1867) nhưng các sĩ phu
ở đây vẫn liên tiếp nổi dậy đấu tranh mạnh mẽ. Phong trào chống thực dân
Pháp từ ba tỉnh miền Đông đã lan rộng khắp ba tỉnh miền Tây. Tại vùng
Bến Tre, Vĩnh Long, Trà Vinh, Sa Đéc, hai con trai của Phan Thanh Giản là
Phan Tôn và Phan Liêm đứng lên vận động, tổ chức và xây dựng lực lượng
chống thực dân Pháp. Lực lượng nghĩa quân có lúc lên tới bốn vạn người.
Nguyễn Trung Trực tiếp tục đánh thực dân Pháp ở Kiên Giang. Phạm Văn
Hớn (Quản Hớn) đứng lên lãnh đạo cuộc khởi nghĩa ở 18 thôn Vườn Trầu
