chứng bệnh trước đây khu trú tại một địa phương nào đó. Hàng ngàn binh sĩ bị suy nhược do bệnh tật,
chấn thương và thương tích trong chiến tranh đã chết tại nhà; cái chết của họ và những người khác bị họ
lây bệnh không được tính vào con số tử vong của quân đội. Nhiều người khác bị bệnh mạn tính và tật
nguyền do thương tích hoặc mất chân tay.
Bệnh thiếu vitamin C, trúng nắng, đau quặn ruột, tiêu chảy, kiết lỵ và sốt thương hàn khá phổ biến, điều
này cũng không có gì ngạc nhiên khi thiếu thực phẩm bổ dưỡng và nước uống an toàn. Các bác sĩ quân y
thông báo cho thượng cấp là bệnh thiếu vitamin C đã làm hao mòn khả năng chiến đấu của quân đội,
ngay cả khi người lính không biết rằng mình đang bị bệnh, nhưng thật ra phải tranh giành khốc liệt mới
có được các thức ăn được biết là có tác dụng chống bệnh thiếu vitamin C như khoai tây, hành, bắp cải, cà
chua, bầu bí, củ cải đường và chanh tươi. Một bác sĩ phẫu thuật mô tả cách sử dụng nước uống lấy từ
đầm Chickahominy, nơi có chứa đầy xác người và ngựa chết. Có lẽ những cố gắng nhằm che dấu chất
lượng tệ hại của nước uống khi thêm vào mỗi bi-đông đựng nước khoảng 100cc rượu whisky đã giúp
khử trùng nước phần nào. Vị bác sĩ này báo cáo, mùi của trại lính và bệnh viện nồng nặc đến nỗi có thể
làm cho “con chim kền kền đầu trọc phải mắc bệnh thương hàn”. Nhiều binh lính bị khổ sở vì bị lũ rận,
mà họ gọi là “cận vệ” tấn công. Các bác sĩ cũng than phiền là nhiều binh sĩ không thích hợp với đời sống
quân ngũ vì họ bị tật nguyền nhưng vẫn bị trưng tập. Việc khám tuyển qua loa không phát hiện được các
tân binh người thì chưa đủ tuổi, người thì quá già, và một vài người lại là phụ nữ.
Ngoài một số đông binh sĩ sống sót tuy bị cắt chi và đầy thương tích, một số khác trở về quê nhà mang
theo các chấn thương tâm lý vì bị stress chiến tranh. Khi phân tích các hồ sơ hưu trí và nghiên cứu ca
bệnh của các cựu chiến binh Cuộc Nội chiến được chuyển tới các nhà thương điên, các sử gia nhận thấy
rằng các triệu chứng mà họ mắc ngày nay được chẩn đoán là rối loạn stress sau chấn thương. Ngày nay,
các mục chẩn đoán trong Cuộc Nội chiến có thể xếp vào mục này gồm trúng nắng, nhớ nhà và rối loạn
thần kinh tim. Các triệu chứng của một rối loạn được chẩn đoán là nhịp tim kích thích, bệnh tim người
lính, hoặc suy nhược thần kinh-tuần hoàn gồm có: đau ngực, hồi hộp, hụt hơi, mệt, ngất và mau mệt khi
vận động. Nhịp tim kích thích lúc đầu được coi là một vấn đề quan trọng trong Cuộc Nội chiến bởi vì
bệnh này làm giảm khả năng chiến đấu của hàng ngàn binh sĩ.
Tất cả các nơi trong nước đều bị chiến tranh tác động trực tiếp hoặc gián tiếp. Những năm xáo trộn đã để
lại một di sản suy dinh dưỡng, nhiễm giun móc, sốt rét làm rệu rã sức khỏe những người lính về nhà, gia
đình và cộng đồng của họ nhiều năm sau đó. Tại miền nam, chiến tranh đã phá đi nhiều thư viện, trường
y khoa và các cơ sở giáo dục. Nhiều tổ chức y tế và báo chuyên ngành biến mất, và nhiều bác sĩ miền
nam di cư lên phía bắc. Nhiều gia đình khi trở về nhà để thấy rằng nhà cửa, kho vựa, mùa màng, gia súc
của họ không còn gì cả.
Cuộc Nội chiến đã làm dấy lên các vụ dịch lớn ở ngựa, lừa, trâu bò và lợn. Bệnh tả ở lợn, được báo cáo
đầu tiên tại Ohio trong thập niên 1830, đã lan sang ít nhất 20 tiểu bang vào năm 1860. Một cách lan
truyền có thể đã báo trước câu chuyện bệnh Bò điên: người ta lấy thịt từ các súc vật chết vì bệnh đem
nuôi các súc vật khỏe mạnh, rồi sau đó những con vật này lại mắc bệnh. Bệnh viêm phổi-màng phổi ở
bò, hoặc sốt do bệnh phổi, có tác nhân gây bệnh là Myco plasma mycoides và lây sang con vật khác qua
các hạt nước bọt nhỏ, trước Cuộc Nội chiến là một vấn đề chỉ khu trú tại một số khu vực. Trâu bò nhập
khẩu từ châu Âu trong thập niên 1840 đã làm vấn đề thêm trầm trọng. Bệnh này đã làm chết một nửa số
súc vật bị nhiễm, những con sống sót trở thành vật mang mầm bệnh. Sau chiến tranh, bệnh sốt ở trâu bò,
