Xã hội châu Âu khi ấy không theo thể chế dân chủ nên phong trào Tin Lành
không thể tiến xa nếu không nhận được sự chấp thuận và ủng hộ của các nhà cai
trị địa phương. Các nhà thờ muốn hoạt động theo tinh thần cải cách cần có sự
chống lưng hỗ trợ của các vương hầu và bá tước. Từ đó, các liên minh với tầng
lớp cai trị ra đời và những nhà thờ mới cũng xuất hiện. Tuy nhiên, không phải tất
cả bọn họ đều có chung quan điểm hay tin vào cùng một thứ. Thế là cuộc Đại Ly
giáo ở thành Rôma được tiếp nối bởi các cuộc chia tách nhỏ hơn trong nội bộ tín
hữu Tin Lành khi họ bất đồng với nhau về đường hướng xây dựng một Giáo hội
mới trong sạch. Tinh thần cốt lõi của đạo Tin Lành cũng là điểm yếu lớn nhất của
họ: không thể thỏa hiệp được với bất cứ thứ gì họ đã lên tiếng phản đối.
Tinh thần của Giáo hội La Mã là kháng cự trước sự chia rẽ. Ý chí cương
quyết chính là chất keo giữ chặt những con người khác nhau ở những nơi khác
nhau vào cùng một đức tin. Ngay cả việc dùng tiếng Latinh trong các Thánh Lễ
cũng được thống nhất. Chỉ người có học mới hiểu thứ tiếng ấy và chẳng có mấy
người như thế, kể cả trong giới tu sĩ. Thế nên giáo dân đi lễ trên khắp châu Âu
đều cùng chung một điểm là họ không biết các cha đang nói gì trước bàn thờ.
Nhưng họ cùng dự phần vào một buổi lễ huyền bí thiêng liêng được cử hành
giống nhau ở mọi nơi. Trong phong trào Cải cách Kháng nghị (gọi tắt là Kháng
Cách), sự thống nhất đó vĩnh viễn mất đi, trừ trong chính Giáo hội Công giáo.
Sau những biến động từ phong trào Kháng Cách, Giáo hội Công giáo phản
ứng bằng một phong trào chấn hưng nội bộ có tên là Phản Kháng Cách. Giáo
hoàng Paul III triệu tập một cộng đồng tại thành Trent ở nước Ý, với thời gian tại
chức là từ năm 1545 đến năm 1563. Đúng như tên gọi, cộng đồng lên án các tác
phẩm của Martin Luther nhưng cũng phê bình những vụ lạm dụng xảy ra trong
Giáo hội đã thúc đẩy sự ra đời của các tác phẩm đó. Con thuyền của Thánh Peter,
như Giáo hội vẫn tự xưng, lấy cảm hứng từ vị tông đồ mà họ xem là Giáo hoàng
đầu tiên, lần này đã sống sót qua một con bão đe dọa lật úp nó. Con thuyền Giáo
hội tiếp tục lướt đi trong lịch sử, đôi khi phải vật lộn với cuồng phong nhưng
không bao giờ bị đe dọa nghiêm trọng đến vậy nữa.
Tình hình bên các Hội thánh Tin Lành không được yên ổn như vậy. Nếu tiếp
tục với cách nói ẩn dụ hàng hải ở trên thì từ vài con tàu lớn rong ruổi dưới cùng
một ngọn cờ, đạo Tin Lành chẳng mấy chốc rthân lên gấp bội thành một hạm đội