Trường chia làm 4 ban: Ban Giáo dục, Ban Tu thư chuyên biên soạn sách,
tài liệu giảng dạy cho nhà trường; Ban Cổ động và Ban Tài chính. Không
những góp công sức dạy học không lấy tiền mà chính những người sáng lập
này tự quyên góp tiền bạc để lập trường dạy miễn phí.
Chữ quốc ngữ được coi là chữ chính để giảng dạy cho các môn sinh trong
trường Đông Kinh Nghịa Thục, ngoài ra còn có thêm tiếng Hán và Pháp
văn. Sau hơn 1.000 năm mượn văn tự Hán làm ngôn ngữ chính, thì nay, các
nhà giáo dục của Đông Kinh Nghĩa Thục hô hào bỏ Hán văn lẫn chữ Nôm -
chữ vay mượn từ tiếng Hán với cách viết rất phức tạp - để chuyển sang
dùng chữ Quốc ngữ như là ngôn ngữ chính của dân tộc trong thời kỳ mới.
Một sự chuyển hướng đầy sáng suốt. Các cụ chỉ ra cái hay, cái đẹp trong
chữ quốc ngữ: vừa dễ hiểu, dễ viết và gần gũi với người Việt.
Với khẩu hiệu “khai dân trí, chấn dân khí, hậu dân sinh”, các giáo
trình của trường Đông Kinh Nghĩa Thục được soạn ra cùng một mục
đích: kêu gọi đồng bào đổi mới về tư duy, hướng dân chúng theo cách
học thực nghiệp. Trường chia làm 8 lớp từ tiểu học cho tới trung học.
Không những không phải đóng phí (trừ lớp học tiếng Pháp có thu phí)
mà người học còn được phát không giấy bút, và sách vở. Những người
bận làm ban ngày thì có thể dự lớp học buổi tối.
Điều đáng nói là cách dạy và các tư tưởng rất mới mẻ mà các nhà nho yêu
nước truyền thụ cho học trò. Đây là một ngôi trường theo mô hình của
trường Khánh Ứng Nghĩa Thục của Nhật -nơi đã đào tạo các nhà duy tân
góp phần làm thay đổi đất nước Phù Tang theo xu hướng tích cực. Nhà
trường muốn truyền thụ cho học sinh những tư tưởng mới, với mong mỏi
khai sáng dân trí. Trường lên án lối học khoa cử, chuyển sang cách dạy thực
nghiệp, chống các hủ tục lạc hậu, mê tín dị đoan, cờ bạc... Chương trình
dựa theo lối tân học Trung Hoa, Nhật Bản, dạy thể thao, dạy cách trí, toán
pháp, địa sư, lịch sử, văn chương, công dân giáo dục. Với các môn sinh đã
