Can, một con người luôn chọn cách ứng xử rất khôn khéo, kín kẽ trước kẻ
thù, đã tiên liệu trước được nguy cơ này. Theo Nguyễn Hiến Lê, một số chí
sĩ đã hành động vượt hẳn ra ngoài đường lối của Đông Kinh Nghĩa Thục
như mua và chở khí giới về Hà thành, đưa thanh niên lên Yên Thế gia nhập
nhóm nghĩa quân của Đề Thám...
Không thể kiểm soát được các hành động của phe bạo động, cụ cử Can e sợ
trường sẽ bị Pháp đóng cửa. Ai cũng hiểu rằng, việc duy trì một Đông Kinh
Nghĩa Thục ngay giữa lòng địch, đấu tranh bằng con đường công khai là
một hoạt động quan trọng không kém gì con đường đấu tranh bằng vũ
trang. Chính Lương Văn Can đã đề chủ trương tách hội viên ra làm hai phe
ôn hòa và bạo động. Người theo chủ trương ôn hòa sẽ ở lại điều hành Đông
Kinh Nghĩa Thục, phái bạo động sẽ phải ra đi, lập một tổ chức riêng để hoạt
động. Như vậy mới giữ được sự an toàn cho nhà trường. Mọi người đồng
tình với ý kiến trên, song chưa kịp thực thi phương án tách nhóm thì trường
đã bị đóng cửa.
***
Đông Kinh Nghĩa Thục bị đóng cửa có nhiều nguyên nhân. Từ lâu, mật
thám Pháp đã dò la thu thập thông tin về các hoạt động của trường. Những
cuộc diễn thuyết ngay từ đầu đã gây cho Pháp cảm giác khó chịu và bất an.
Dù không đi vào các đề tài chống nhà cầm quyền một cách vỗ mặt, song
những cách tuyên truyền luôn khéo léo “gài” vào đó những lời kêu gọi sự
thức tỉnh nhân tâm, hướng người dân ý thức được thân phận nô lệ. Ý thức
tự cường dân tộc như những hạt giống vùi sâu trong đất, nay được gặp cơn
mưa rào, đã bung lên thành những mầm cây tươi tốt.
Mật thám đã thu thập được nhiều bằng chứng bất lợi cho nhà trường.
Những bài vè, bài thơ cổ vũ lòng yêu nước của nhân dân, rồi việc người dân
không chịu dùng tiền sắt cũng xuất phát từ một bài thơ tuyên truyền ngấm
ngầm, được người Pháp cho là có nguồn gốc từ Đông Kinh Nghĩa Thục.