Nhưng chính sự giải thích của ông về cách mà muôn loài thay đổi và phát
triển đã làm cho tác phẩm Nguồn gốc của muôn loài trở nêấn độc đáo, cỏ
một không hai. "Sự lựa chọn của thiên nhiên" được định nghĩa là "sự duy
trì những biến thể tốt và loại bỏ những biến thể xấu", ở đây, cụm từ "sự duy
trì" nói đến một quá trình trong đỏ các cơ thể khỏe hơn hoặc là "thích hợp
hơn", được trang bị với những biến thể hữu ích dù có bé hơn xét về mặt tỷ
lệ, có nhiều khả năng tồn tại và tái sinh hơn hơn những cơ thế yếu. Do đó,
vô số thế hệ các loài "thay đồi", theo cách mà những thực thể phù hợp hơn,
có khả năng thích nghi cao hơn đã thay thế dần dần - hoặc đang thay thế
liên tục - những thực thể có ít khả năng thích nghi hơn và như vậy, theo quy
luật tự nhiên, chúng đã bị tuyệt chủng. Những nhà nhân giống chim bồ câu
đáng kính của Darwin đi theo một phiên bản "nhân tạo", yếu hơn của quá
trình lựa chọn này; một người nhân giống tốt chỉ cho phép những con giống
giỏi nhất sinh sản, và loại bỏ những con yếu kém. Nhưng "con người chỉ có
thể tác động tới những vật thể bên ngoài hữu hình", trong khi đó, thiên
nhiên "có thể tác động tới mọi cơ quan bên trong, tới mọi sự vật vô hình
của khác biệt về thể trạng, tới toàn bộ cơ chế đời sống"; năng lực tuyệt đối
của sự lựa chọn tự nhiên là hầu như không thể đo đạc được.
Người ta thường nói rằng sự lựa chọn tự nhiên diễn ra hàng ngày, hàng giờ,
trên khắp thế giới, trong mọi biến thể, thậm chí là những cái nhỏ nhất; loại
trừ những cơ thể xấu, duy trì và phát triển tất cả cơ thể khoẻ; hoạt động một
cách thầm lặng và vô hình, bất cứ nơi nào và bất cứ khi nào cơ hội xuất
hiện, biến đối theo hướng tích cực mỗi cơ thể sống trong mối quan hệ với
điều kiện sống hữu cơ và vô cơ của nó. Chúng ta không hề nhìn thấy bất cứ
điều gì từ những thay đổi chậm chạp của quá trình này, cho đến khi bàn tay
thời gian để lại dấu ấn của mình sau một thời kỳ dài...
Lý thuyết này dựa trên một vài nhân tố cần thiết. Thứ nhất, đó là tồn tại
"một thể nguyên thủy", nguồn gốc của bàn thân "sự sống", mà Darwin
khẳng định công việc của ông không thể "giải thích hay can thiệp" được.
Sau đó, một khoảng thời gian dài chậm chạp trôi qua, không thể nhận thức