Hồng Kông lánh nạn. Đây cũng là dịp Nguyễn Trường Tộ xuất dương để
mắt thấy tai nghe những hiện tượng lớn lao làm thay đổi tình hình thế giới.
Ông đọc thêm "tân thư" mà Trung Quốc dịch thuật từ sách tiến bộ Tây
phương. Ông được tiếp xúc và đàm đạo sâu sắc với giới thức giả Đông
phương và Tây phương kể cả mục sư Tin Lành tân tiến. Ông kiểm nghiệm
giữa kiến thức đã thâu thái với thực tế diễn biến đương thời. Tất nhiên ông
đặc biệt chú ý đến những gì liên quan đến đất nước và con người Việt Nam.
Có lẽ ông cũng có dịp tham quan Tân Gia Ba và Pênăng. Hai nơi này đều là
thuộc địa của Anh giống như Hương Cảng và là những trung tâm giao
thương quốc tế bắt đầu phát triển theo mô hình tư bản Tây phương. Ông
cùng Giám mục Hậu trở về Sài Gòn năm 1861.
Chúng ta biết rằng năm 1858 Pháp và Tây Ban Nha đánh phá Cửa
Hàn, nhưng thất bại, nên năm sau tức 1859 kéo quân vào Nam xâm chiếm
thủ phủ Gia Định (Sài Gòn). Suốt hai năm từ đầu năm 1859 đến đầu năm
1861, Pháp chịu nhiều khốn đốn mới chiếm đóng được một phần nhỏ Sài
Gòn vì phải rút quân sang Trung Hoa chinh chiến. Khi chiến tranh giữa
Trung Hoa và liên quân Anh - Pháp chấm dứt, Đô đốc Charner đem một
đội quân hùng hậu tới đánh phá đại đồn Chí Hòa do thống tướng Nguyễn
Tri Phương chỉ huy, rồi mở rộng thêm nhiều khu chiếm đóng. Charner đã
mời Giám mục Hậu về Sài Gòn, Nguyễn Trường Tộ cũng về theo. Charner
nhận ông Tộ làm thông dịch viên. Ông làm việc này với thâm ý lèo lái sự
việc cho có lợi về phía Việt Nam trong cuộc thương nghị hòa bình. Nhưng
ngày 16.12.1861, Bonard hung hãn đánh chiếm Biên Hòa; ngày 7.1.1862
đánh chiếm Bà Rịa. Ông Tộ không mong gì ở hòa cuộc nữa và thôi làm từ
dịch cho Pháp. Ông vẫn ở Sài Gòn, ngấm ngầm liên lạc với quan chức đang
có trách nhiệm giải quyết vấn đề hòa hay chiến tại đây, nhằm mục đích
thông tin xác thực để giải quyết tình huống có lợi cho Việt Nam. Nhân tiện
ông giúp xây cất tu viện Dòng thánh Phaolô (số 4 Tôn Đức Thắng, quận 1,
thành phố Hồ Chí Minh nay), bắt đầu tháng 9.1862 và hoàn tất ngày
18.7.1864. Giáo sĩ Le Mée kể lại như sau:
"Đức Giám mục Gauthier và Linh mục Croc đã đem theo một nho sĩ
Đàng Ngoài, tên là Lân (tức Nguyễn Trường Tộ), với trí thông minh hiếm
