Tiễn Thành, Nguyễn văn Phong, Phan Huy Vịnh, Phạm Phú Thứ, v.v... Tuy
nhiên, quyết định tối hậu như hòa hay chiến, chiến thuật hay chiến lược...
đều do Tự Đức khuyến dụ ban hành, đôi khi ngược lại đề án của Viện Cơ
mật. Sau đây là mấy thí dụ:
Tháng 7 năm Bính Dần (1866), sử Thực lục ghi: "Tuần phủ Thuận
Khánh là Hoàng văn Tuyển tâu nói: gần đây nghe nói Võ Duy Dương và
bọn Trương Tuệ (Tuệ là con Trương Định) ngầm đến Thượng du hội với
bọn còn sót lại của tên Bướm (nhà Cách mạng Campuchia) mưu khởi
nghịch. Vua bảo Viện Cơ mật rằng: lũ tên Dương lòng hắn thế nào chưa dễ
biết rõ, nhưng cũng là do lòng công phẫn mà ra, có thế mới có thể ràng
buộc lòng người, để dùng về sau, cho đi tuần bắt cũng chẳng qua để cho vui
lòng nước Pháp mà thôi, giết đi thì cũng đáng tiếc, người không biết thì bảo
là phụ ân, trước bất đắc dĩ đã mất một Phan Huân (Thủ Khoa Huân), lòng
trẫm vẫn áy náy, chưa biết quan kinh lược và quan tỉnh cũng đã biết rõ ý ấy
làm cho thỏa đáng hay không? Nếu nhận là việc thật, thì thất sách nhiều
lắm. Bọn chúng quen đánh không sợ, tuy sức ít không làm nên việc, nhưng
khí khái đáng khen, huống chi lũ tên Dương nếu được địa lợi, đủ quân đủ
lương, biết đem dùng hắn thì người đã quen, tưởng cũng được việc, nếu vời
hắn đến xử trí cho khéo, ngõ hầu là lưỡng toàn. (Huân là người Gia Định,
đỗ cử nhân ra ứng nghĩa)"
Về trường hợp Trương Định, sử Thực lục viết: "Cho ruộng thờ cúng
lãnh binh đã chết là Trương Định. Khi bấy giờ Bố chính sứ tỉnh Quảng
Ngãi là Trà Quí Bình tâu lên nói một nhà Trương Định, cha con trung nghĩa
trên soi xét đến biết đã lâu, xin cấp cho ruộng thờ cúng, để sung vào đèn
hương, Viện Cơ mật xét lại, cho là người trong Nam mộ nghĩa như Trương
Định thì có nhiều, chỉ thành tích chưa được hoàn toàn, nên đều chưa được
xét đến, nghĩ nên đợi sẽ thi hành sau.
Vua không nghe, chuẩn cho ban cấp ngay 5 mẫu ruộng thờ cúng
(Trương Định là người huyện Bình Sơn tỉnh Quảng Ngãi, nhưng trích
ruộng ở nơi cận tiện chỗ ở để cấp cho) lấy người họ viên ấy là Văn Hổ làm
thừa tự, trông coi cày cấy để phụng thờ, vợ của viên đã chết ấy (Thị
