Chúa Giáo vào giai đoạn đen tối nhất của lịch sử truyền giáo tại Việt Nam.
Sắc dụ ra lệnh cất chức và bắt các quan và các viên chức triều đình đã theo
tà đạo, tức đạo công giáo, đồng thời chỉ thị phong tỏa các làng công giáo.
Ai bắt được Tây Giang Đạo trưởng được thăng chức và được thưởng 300
lạng bạc. Năm 1860 vua ra sắc dụ truy nã các bà phước, chị em dòng Mến
thánh Giá. Năm 1861, vua lại ra sắc dụ phân sáp (phân tán mỏng và sáp
nhập) người công giáo vào các làng không công giáo, tách đàn ông ra khỏi
đàn bà và hủy hết các làng công giáo. Khắc hai chữ "tà đạo" vào má người
công giáo. Những nhà cửa, vườn tược của người công giáo chưa phá hết,
phải giao cho làng không công giáo bên cạnh. Người công giáo bị lùa đi
như súc vật, bị đánh đập và bỏ đói cho chết. Năm 1862, vua ra lệnh chém
hết những người đàn ông từ 10 tuổi trở lên. Cuộc kiểm kê sau khi lệnh cấm
đạo dứt cho thấy có khoảng 50.000 giáo sĩ và giáo dân bị giết hoặc mất tích
trong thời kỳ này.
Trong khi biện pháp cấm đạo trở nên gắt gao thì Pháp đem quân chiếm Gia
Định. Ở ngoài Bắc, Lê Phụng hợp với tên Trường cầm quân nổi loạn chiếm
các tỉnh Quảng Yên và Hải Dương. Nguyễn Văn Vàng, tục gọi là Cai Tổng
Vàng, nổi lên quấy phá ở Bắc Ninh.
Vua Tự Đức thấy khó đương đầu nổi, liền sai Phan Thanh Giản, Lâm Duy
Hiệp và Linh mục Đặng Đức Tuấn vào Nam thương lượng với Pháp. Pháp
đòi giao lục tỉnh và bồi thường 5.000.000 nguyên. Linh mục Đặng Đức
Tuấn khuyên Phan Thanh Giản chỉ nên chấp nhận khoản bồi thường, không
nên nhượng đất. Sau cuộc thương lượng, ngày 9.5.1862, Việt Nam chịu ký
hòa ước với Pháp gồm 12 điều, nhường cho Pháp ba tỉnh Biên Hòa, Gia
Định và Định Tường, trả binh phí 4.000.000 nguyên, chia làm 10 năm, mỗi
năm 400.000 nguyên. Trong hòa ước này có một điều khoản nói triều đình
cho các giác sĩ Pháp và I-pha-nho tự do giảng đạo và dân chúng được tự do
theo đạo.
Sau khi ký hòa ước, vua Tự Đức có ban sắc dụ ân xá cho người già, đàn bà
và trẻ con công giáo. Nhưng sắc dụ này vẫn cấm dân không được theo tà
đạo, người công giáo không được tụ tập quá 100 người, không được đọc
kinh to tiếng, v.v...