Khi tình bạn giữa Thomas với Võ Nguyên Giáp phát triển, quan hệ của anh
với Đội Nai lại càng xấu hơn. Sự thiếu quan tâm rõ ràng của Thomas đối
với cấp lãnh đạo tại tổng hành dinh càng làm cho các thành viên Đội Nai
khó chịu. Ngày 19 tháng 8, sau gần hai ngày không liên lạc điện đài với
Bách Sắc vì trời mưa, Thomas nhận được một loạt bức điện gửi từ ngày 16,
17 và 18 tháng 8 ra lệnh cho anh không được chấp nhận bất cứ sự đầu hàng
nào của Nhật trong khu vực, hoãn lại chuyến đi vất vả tới Hà Nội cho đến
khi có lệnh, giữ lại tất cả các trang thiết bị, để những người Mỹ đi riêng và
chỉ cho phép những người Việt dẫn đường được đi cùng. Ngoài ra, Davis ra
lệnh cho Thomas phải có "biên nhận chính xác" trang thiết bị đã phát trong
suốt khoá huấn luyện. Ngày 18 tháng 8 Thomas được tham vấn là Đội Nai
cũng như Đội Mèo nên tiến về Hà Nội với trang thiết bị của OSS, sau đó
chúng sẽ được xe tải đưa trở lại một căn cứ của Mỹ tại Trung Quốc. Còn
trang thiết bị hai đội không thể mang theo sẽ "được đi tản bằng đường hàng
không" khi có thể.
Sáng 19 tháng 8, Thomas không tuân theo ba trong bốn mệnh lệnh đầu tiên:
anh vẫn tiếp tục tiến về Hà Nội cùng một đội quân lớn của Việt Minh.
Trước đó, ngày 15 tháng 8, sau khi nghe tin về sự đầu hàng của Nhật,
Thomas đã chuyển giao phần lớn vũ khí của Mỹ được sử dụng trong khoá
huấn luyện cho Lực lượng Việt - Mỹ. Điều khiến tình hình thậm chí trở nên
xấu hơn là trước các đội viên Thomas tỏ ra không quan tâm đến việc anh
không chấp hành mệnh lệnh của Bách Sắc.
Trong báo cáo về nhiệm vụ của Đội Nai, Thomas thú nhận là lệnh cấm
chấp thuận bất cứ sự đầu hàng nào của Nhật "cực kỳ đáng thất vọng" đối
với anh, "vì tất cả chúng tôi đều cảm nhận rằng chúng tôi đã mạo hiểm
