Tự Đức còn nhiều lần ra lệnh "hưu binh", "giải giáp", sai Phan Thanh Giản
dụ Trương Định, giải tán nhiều lực lượng nghĩa binh.
Như vậy, bi kịch của Phan Thanh Giản là một mặt ông cùng phe "chủ hoà",
rất mực trung thành với nhà vua; mặt khác ông lại nặng lòng với dân với
nước.
Mâu thuẫn đó đã đẩy ông đến chỗ bế tắc và chỉ còn biết lấy cái chết để kết
thúc cuộc đời và bày tỏ nỗi lòng của mình.
Có lẽ nhóm tác giả Đại Nam chính biên liệt truyện phần nào đã thấu hiểu
lòng ông khi nhận xét :" Thanh Giản là người ngay thực, giữ lòng liêm
khiết, làm quan cần mẫn, thận trọng, gặp việc dám nói. Trải thờ 3 triều, vẫn
được yêu quý. Đến khi mang cờ tiết đi Nam, thế không làm sao được, biết
tội tự uống thuốc độc chết. Thực là ở vào chỗ người ta khó xử. Xem tờ sớ
để lại thì lòng trung ái chứa chan ở ngoài lời nói".
Sau này hiểu rõ vụ việc hơn nên vào năm 1886, ông được vua Đồng Khánh
khai phục nguyên hàm Hiệp tá đại học sĩ và cho khắc lại tên ông ở bia Tiến
sĩ...
Nói thêm:
Khi sắp mất, Phan Thanh Giản có dặn con cháu, không được cộng tác với
giặc Pháp và tự tay viết mấy dòng chữ trao cho người nhà: "Minh tinh thỉnh
tỉnh, nhược vô, ưng thư: Hải nhai lão thư sinh tính Phan chi cữu" (Tấm
triệu (ghi chức tước của người chết đi theo sau quan tài) nên bỏ, nếu không
thì chỉ cần ghi: linh cữu người học trò già họ Phan ở nơi góc biển).
Hai con trai của ông, Phan Tôn (1837-1893, tự Quý Tướng), Phan
Liêm(1833-1896 tức Phan Thanh Liêm), nổi lên chống Pháp tại tỉnh Vĩnh
Long, Trà Vinh, Bến Tre, Sóc Trăng… lập thành nhóm Cần Vương từ tháng
7 đến tháng 11/1867; khi bị dẹp hai ông bỏ trốn ra Bình Thuận.