Phúc Nguyên cho sửa sang thành luỹ, sắp đặt lại hệ thống quan lại, cải tổ
bộ máy cai trị, ban hành quy chế mới đối với các phủ, huyện, đo đạc lại
ruộng đất làm cơ sở quản lí nông nghiệp... Đối với nhà Lê, khác với cha,
ông tìm mọi cách thoái thác việc tiến cống và không giấu ý đồ tách khỏi
chính quyền trung ương.
Năm 1623, nghe tin Trịnh Tùng bị bệnh nặng, con thứ là Trịnh Xuân nổi
loạn, đem quân và voi vào phá nội phủ, lại phóng hoả đốt phủ chúa, Phúc
Nguyên nói với tả hữu:
- Tùng không biết có vua, Xuân không biết có cha, đạo trời ứng báo thật
chẳng lầm vậy.
Ngay năm đó Trịnh Tùng mất. Tình hình triều Lê - Trịnh rối ren, dư đảng
của nhà Mạc nổi dậy, vua Lê phải vào Thanh Hoá lánh nạn. Các tướng
khuyên Phúc Nguyên nên đánh ra Bắc, lấy chiêu bài “phù Lê, diệt Trịnh”.
Ông không nghe, bảo:
- Đánh người trong lúc có tang là bất nhân, thừa lúc người lâm nguy mà
tấn công là bất võ. Huống chi ta với Trịnh còn có nghĩa thông gia, chi bằng
trước hết đem lễ phúng viếng, nhân đó xem xét tình hình, sau sẽ liệu kế.
Mọi người đều khen Phúc Nguyên là người nhân nghĩa, gọi ông là chúa
Phật, hoặc chúa Sãi (ý nói không đi tu nhưng cũng là người nhà Phật).
Ở Đàng Ngoài, Thanh Đô Vương Trịnh Tráng lên thay cha, tỏ ra cứng rắn
với họ Nguyễn. Năm Đinh Mão (1627), Trịnh Tráng sai sứ giả vào Thanh
Hoá, mượn tiếng vua Lê đòi tiền thuế cũ ba năm trước. Chúa Sãi không nộp.
Trịnh Tráng lại sai sứ mang sắc phong của vua Lê, triệu chúa Nguyễn về
kinh chầu và mang theo 30 con voi, 30 chiếc thuyền để cống nhà Minh.
Chúa Sãi không muốn nhận sắc phong, hỏi ý quần thần. Quân sư Đào
Duy Từ hiến kế làm một cái mâm đồng hai đáy, giữa đặt sắc phong và tấm
thiếp của chúa Nguyễn ghi một bài thơ bốn câu. Cử Văn Khuông làm chánh
sứ đưa phẩm vật ra tạ ơn chúa Trịnh. Trước khi Khuông đi, Đào quân sư trao
cho một túi gấm dặn gặp tình huống nào khó xử, cứ mở cẩm nang ra mà làm
theo.
