Diên Khánh rút về Quy Nhơn để xử lý sự vụ. Vậy là Diên Khánh tự nhiên
được thoát vây nhờ Tây Sơn lục đục. Quân Gia Định không thể bỏ lỡ cơ
hội nghìn năm có một để tiêu diệt vị tướng tài giỏi này, họ tổ chức một kế
hoạch vây ráp đường lui của Trần Quang Diệu, khiến ông bị thiệt hại rất
nhiều, cuối cùng phải theo đường núi Như Tráp vòng về Quy Nhơn. Trần
Quang Diệu đi thẳng một mạch về Phú Xuân, đóng trại bên bờ nam Sông
Hương để hỏi tội Võ Văn Dũng. Tây Sơn lúc này chứng kiến hai vị dũng
tướng hàng đầu của mình là Dũng và Diệu đưa đại bác chĩa súng vào nhau.
Vua Quang Toản phải với văn thần hàng đầu của nhà Tây Sơn là Phan Huy
Ích ra dùng thư giảng hỏa cho cả hai bên. Bên ngoài biên ải, một nhân vật
tưởng như đã chết bỗng đội mồ sống dậy: con trai của Thái Đức Nguyễn
Nhạc, Nguyễn Văn Bảo nổi loạn. Nguyễn Bảo nổi loạn là vì bị mẹ nói
khích, mà cũng vì Nguyễn Ánh đã dụ hàng thành công. Thêm một lần nữa,
Tây Sơn lại “nồi da xáo thịt”. Mặc dù Nguyễn Bảo đã bị Quang Toản giết
chết ngay sau đó nhưng vụ binh biến của Nguyễn Bảo cũng đã gián tiếp
khiến những võ thần bậc nhất như Lê Trung, Nguyễn Văn Huấn phải chết
và khiến Lê Chất phải xin hàng Nguyễn Ánh.
Mùa xuân 1799, từ Gia Định, Nguyễn Ánh lên kế hoạch tấn công Quy
Nhơn. Khi sắp đặt những đợt lương thảo lớn khủng khiếp mà vùng đồng
bằng Sông Cửu Long cung cấp có lẽ ngài sẽ không nghĩ rằng, con đường
lần này mà ngài đi sẽ tiến thẳng ra tới Bắc Hà. Tháng 4 Âm lịch cùng năm,
Nguyễn Ánh theo thuyền, tiến ra cửa Thị Nại. Trên bộ, từ cửa ngõ mới là
thành Diên Khánh thì đã điều bộ binh ra trước, Nguyễn Huỳnh Đức, Võ
Tánh đổ bộ ở Phú Trung. Theo đà, quân Nguyễn chiếm luôn cả vùng duyên
hải trên bộ. Võ Tánh, Nguyễn Huỳnh Đức tiến đến đồng Cây Cầy đuổi
thiếu úy Trương Tấn Thúy, giết đô Đốc Nguyễn Thực. Lê Chất đem quân ra
hàng Võ Tánh, Nguyễn Văn Thành chiêu dụ được tham đốc Tây Sơn
Nguyễn Văn Điềm. Ngoài đường biển, Nguyễn Ánh đưa quân tiến xa về
phía Quảng Ngãi, đô đốc thủy sư số một của ông là Lê Văn Duyệt đến Bến
Đá. Đến tháng 6, thủy quân Gia Định lại thắng tiếp ở cửa Mỹ Á, truy kích
