Tác phẩm rất nổi tiếng Nhập môn nghiên cứu y khoa thực nghiệm (Introduction à
L’ étude de la médecine expérimentale - 1865) là lời nói đầu cho một bộ Toàn tập
nhưng còn dang dở. Nguyên lý y khoa thực nghiệm (Principe de médecine
expérimentale).
Hiện tượng gan sinh đường (La glycogenèse hépatique)
Thời ấy người ta tin rằng chỉ có thực vật mới tạo ra đường và rằng động vật phải
nhận đường từ thực vật, qua việc dinh dưỡng. Vậy mà, Claude Bernard tìm thấy
đường trong những động vật chỉ ăn thịt và khám phá ra rằng gan của động vật là
"nhà sản xuất chất đường".
Như thế, người ta đẩy lùi, một đàng các suy nghĩ cũ về việc tách biệt hai giới thực
vật và động vật, đàng khác, giữa động vật với nhau người ta giảm thiểu sự phân
biệt, giữa loài ăn thịt và loài ăn cỏ, bởi vì loài ăn cỏ khi buộc phải nhịn đói, thì có
thể nói theo một cách nào đó, chúng "tự ăn mình". Như thế, Bernard làm nổi bật
tính cộng đồng của những hiện tượng sống (la communauté des phénomènes de
la vie).
Khi nghiên cứu chức năng sinh đường của gan, Bernard cũng chỉ ra những công
tác điều hoà do cơ quan này phụ trách. Trong quá trình dinh dưỡng, tế bào gan
nhập kho những lượng dự trữ, mà nó phân phối theo nhu cầu. Vậy là sinh vật tự
tạo thế cân bằng, cho những khí chất (humeurs) của nó và khá độc lập với những
gì vây quanh nó; đó là "môi trường bên trong" (Le milieu intérieur) được coi là
cốt yếu.
Quan niệm về bệnh tật cũng thay đổi. Từ trước giờ người ta nghĩ rằng, trong bệnh
tiểu đường tạo ra khả năng sản xuất đường, vốn không có trong tình trạng bình
thường. Vậy mà Bernard chỉ ra rằng căn bệnh chỉ là sự rối loạn của một vận động
sinh lý tự nhiên.
Khám phá của Bernard cũng hiển lộ những giới hạn của cách tiếp cận thuần cơ
thể giải phẫu học. Những mô tả các hình thái các cơ quan, mô, tế bào không có
thể giúp nhận ra những tiến trình sinh lý phức tạp.
Những nguyên lý phương pháp (Principes méthodiques)